备案的施工合同违约金不一致的，可以以备案的合同违约金来认定违约责任。施工合同在经过备案后具备法律效力，所以是以备案合同为准的。根据《民法典》第五百零二条规定：依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
二、有效合同的认定条件
1.意思表示真实
意思表示真实，是指缔约人的表示行为应真实地反映其内心的效果意思，即其效果意思与表示行为相一致。它作为合同的有效要件，是意思自治原则的当然要求。意思表示不真实，对合同效力的影响应视具体情况而定。在一般误解等情况下，合同仍为有效。在重大误解时，合同则可被撤销。在乘人之危致使合同显失公平的情况下，合同可被撤销。在因欺诈、胁迫而成立合同场合，若损害国家利益，合同无效;若未损害国家利益，合同可被撤销。
2.不违反法律或者社会公共利益
这里的法律，一方面应作扩大解释，既包括全国人民代表大会及其常务委员会通过的法律， 又包括国务院颁发的行政法规; 另一方面应作缩小解释，仅指其中的强行性规范， 不包括任意性规范。 合同不得违反强行性规范，是由合同制度的目的所决定的，为一般的原则。除了法律的强行性规范外， 合同还不得违反社会公共利益。
3.合同标的须确定和可能
合同标的决定着合同权利义务的质和量，没有它，合同就失去目的，失去积极的意义，应归于无效。合同标的可能，是指合同给付可能实现。合同标的确定，是指合同标的自始确定，或可得确定。
4.行为人具有相应的民事行为能力
这一要件要求当事人能够了解合同的状况和法律效果，对保护其合法权益和减少纠纷均具有意义。 自然人签订合同， 原则上须有完全行为能力，限制行为能力人和无民事行为能力人不得亲自缔约，由其法定代理人代为签订，但有如下例外：
(1)可独立签订接受奖励、赠与、报酬等纯获利益，或被免除义务的合同;
(2)限制民事行为能力人可以签订与其年龄、智力和精神健康状况相适应的合同;
(3)可独立签订日常生活中的格式合同或事实合同，如利用自动售货机、乘坐交通工具、进入游园场所;
(4)签订处分自由财产的合同，如学费、旅费等由法定代理人预定使用目的的财产和处分;
(5)其他征得法定代理人同意的合同。按照我国原来的法律规定及其理论，法人签订合同严格地受其宗旨、目的、章程及经营范围的制约，超过经营范围的合同无效。这种做法受到了学说的批评，现已有所发展。
施工合同的签订，是需要根据合同双方的实际情况来进行认定的，特别是不同的合同条款和内容所认定的情况是不同的，双方可以协商认定违约金的标准，如果对有关违约金的认定存在异议的，可以起诉到法院来进行判决处理。
在进行违约金的赔付时，一定要提前问清楚实际损失是多少，然后就是和违约金进行对比。如果是高出了实际损失的百分之三十很多，那么就可以通过起诉或者是其他的方式要求其减少一些。
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