工程款合同无效违约金的效力无效。合同中的违约金条款依附于合同约定而存在，若合同被认定为无效，则违约金条款随之无效，但造成合同无效一方并不能因此免除赔偿损失的责任。
1、根据《中华人民共和国建筑法》第十二条、第十三条的规定，从事建筑活动的建筑施工企业必须具备一定的条件，并取得相应等级的资质证书，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动，原告周某没有相应的施工资质，周某与被告陈某芳签订的《井巷工程施工承包合同》违反了法律、行政法规的强制性规定，该合同应当认定为无效。
按照《最高人法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予以支持;
2、在合同无效的情况下，有三种条款是有效的：一是，合同中独立存在的有关解决争议方法的条款;二是，因合同无效返还由该合同取得的财产;三是，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的应当各自承担相应责任。但违约金条款并不是结算和清算条款，结算和清算条款的意思是有关报酬、费用等方面如何计算的问题。同时，违约金条款也不是争议解决条款。争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等。
无效合同中关于违约金条款，是先有约定，违反约定才会适用本条款追究违约责任，现在“约定”无效了，不存在违约的情形，那么自然也就不可能适用本条款。无效合同自始无效，违约条款在无效合同中也自始无效，只能要求造成合同无效一方承担缔约过失责任或赔偿责任。
1、合同中独立存在的有关解决争议方法的条款;
3、有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的应当各自承担相应责任。
《民法典》第567条，合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。
但是，在实践中，违约金条款并不是结算和清算条款，结算和清算条款的意思是就有关报酬、费用等方面如何计算的问题。同时，违约金条款也不是争议解决条款。争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等。无效合同中关于违约金条款，是先有约定，违反约定才会适用本条款追究违约责任，现在“约定”无效了，不存在违约的情形，那么自然也就不可能适用本条款。无效合同自始无效，违约条款在无效合同中也自始无效，只能要求造成合同无效一方承担缔约过失责任或赔偿责任。
综上所述，当合同都已经是无效合同的时候，违约金条款因为附属于该无效合同，因此，违约金条款也应当是无效的。无效合同自确定后，自始无效，当然无效，确定无效。但在特殊情况下，合同无效但存在三种条款是有效的。
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