1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
(1)备案单证
①商务部主管部门按照权限签发的“加工贸易业务批准证”和“加工贸易企业经营状况和生产能力证明”
④属于加工贸易国家管制商品的需交验主管部门的许可证件或许可证件复印件
⑤为确定单耗和损耗率所需的有关资料
⑥其他备案所需要的单证
(2)备案商品
①加工贸易禁止类商品不准备案
②备案时需要提供进出口许可证或两用物项进出口许可证的商品(消耗臭氧层物质、易制毒化学品、监控化学品)
③备案时需要提供其他许可证件或批准文件的商品(如：进出口音像制品、进口工业再生废料等)
(3)保税额度
①在加工贸易合同项下海关准予备案的料件，包括为履行产品出口合同进口直接用于加工出口产 品而在生产过程中消耗掉的数量合理的触媒剂、催化剂、磨料、燃料全额保税。
②海关不予备案的料件，及试车材料、非列名消耗性物料等不予保税，进口时按照一般进口货物 照章征税。
(4)台账制度
按加工贸易银行保证金台帐分类管理的原则，不转、空转、半实转、实转
注意特殊情况：
为了简化手续，进口料件金额在 1 万美元及以下的，AA 类、A 类、B 类企业可以不设台帐，即 “不转” 。
AA 类、A 类、B 类企业进口金额在 5000 美元及以下的列名的 78 种客供服装辅料，不仅可以 不设台帐即： “不转” 。还可以免领手册，但要向海关备案。
施工合同备案需要经过网上申报办理，相关的备案手续正式签发合同备案表这三个基本流程。相关的单位或个人应当按照法律规定在书面合同订立起的七日内将合同送工程所在地的行政管理部门进行施工合同备案。
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