国家工商总局和建设部为规范建筑市场的合同文本制定了《建设工程合同示范文本》，以全面体现承发包双方的责任、权利和风险。但有些发包人为了回避自己的风险在签订合同时，不采用标准的合同文本，而是采用一些自制的、不规范的文本进行签约。通过自制的、笼统的、含糊的文本条件，避重就轻，转嫁工程风险。
2、未依法进行招投标及违反建设工程法定程序的风险
建设部《工程建设施工招标投标管理办法》、《建筑市场管理规定》均作了相应规定。招标、投标内容是订立建设工程施工合同的基本依据，因此招投标活动应当公开、公平、公正。发包人、承包人如果违反以上这些法定程序所订立的建设工程合同是无效合同。
建设部《工程项目报建管理办法》第9条规定“凡未报建的工程建设项目，不得办理招标投标手续和发放施工许可证，设计、施工单位不得承接该工程的设计和施工任务。”因此，凡是没有列入国家和地方政府基本建设计划的，或应依法报批而未批准的建设工程，由于工程项目的建设本身不合法，即合同标的物不合法，所签订的合同也因没有法律依据而归于无效。
合同当事人主体合格，是合同得以有效成立的前提条件。合格的主体必须具有相应的民事权利能力和民事行为能力。因此，一个建设工程施工合同是否有效，首先看合同签订主体是否合格。建设工程施工合同主体包括发包人和承包人(包括总承包人和分包人)。发包人是建设工程项目的产权人或是经营人，及负责工程投资、经营与管理的当事人。承包人是被发包人接受的具有工程承包主体资格的当事人。发承包双方或一方不具有建设工程相关法律要求的主体条件，将导致建设工程合同无效。
转包是指承包人在承包工程后，又将其承包的工程建设任务转让给第三人，转让人退出承包关系的行为。一些承包商为了获得建设项目承包资格，不惜以低价中标，在中标之后又将工程肢解后以更低价格转包给一些没有资质的施工队伍，这些承包商缺乏对承包工程的基本控制步骤和监督手段,进而对工程进度、质量造成严重影响，最终形成与业主及转包者的资质纠纷。
5、“黑白合同”引起的风险
建设单位与投标单位或招标代理机构串通，搞虚假招标，明招暗定‘黑白合同’的问题相当突出。所谓黑合同，就是建设单位在工程招投标过程中，除了公开签订的合同外，又私下与中标单位签订合同，强迫中标单位垫资带资承包、压低工程款等。黑合同违反了《招标投标法》、《合同法》和《建筑法》的有关规定，极易造成建筑工程质量隐患，既损害施工方的利益，也最终损害建设方的利益。
《建设工程价款结算暂行办法》第八条就建设工程价款类型做出详尽规定，具本包括：固定总价、固定单价及可调价格的方式确定。不同的建设工程应选择不同的价款类型，并做出相应的限制性条款。对于建设工程合同中的固定价格约定合同由于工程价格在工程实施期间不因价格变化而调整，发包人承担的风险最小，承包人承担的风险最大，故发包人在订立建设工程合同时往往采取这种合同方式。
7、工程款支付的风险
拖欠工程款是建筑市场久治不愈的顽症，从某些政府工程到房地产开发商，都不同程度地打出拖欠工程款的黑牌、损害施工企业及农民工的合法权益，迫使一些农民工用跳楼、跳河等极端方式催讨血汗钱;一些政府工程在贪腐官员操纵下，在工程招投标等环节，弄虚作假、中饱私囊，使工程款拖欠一度愈演愈烈。工程款支付成了最不确定的风险因素之一，严重困扰和损害着施工企业的权益。
8、垫资工程的法律风险
垫资工程是指承包方在建设施工过程中，不要求发包方先支付工程款或者支付部分工程款，而是利用自有资金先进场进行施工，待工程施工到一定阶段或者工程全部完成后，由发包方再支付垫付的工程款的工程项目。发包方通常采用“黑白合同”、“质量保证金”、“履约保函或履约保证金”、“借款合同”等形式来签订垫资合同或垫资条款。
在施工过程中，承包方经常因垫资过多，面临很多来自材料商、设备商、施工工人、贷款银行的压力。此时，承包方既要筹集资金用于工程建设，又要面临因自身违约需对发包人承担违约赔偿责任的风险，于是有的承包方可能会采取偷工减料、降低施工标准，或干脆将工程进行整体转包的方式来转嫁风险，采用这种做法更有可能使自己陷入更大的风险境地。
9、材料价格风险
根据我国《建筑法》规定，建设工程的材料供应有发包人自行供应或承包人按合同约定标准采购两种方式。一般而言，建设工程项目成本的70%左右都是材料成本，因此，承包人必须采取措施防范材料价格风险。然而，材料价格的起落本来是很正常的，但是对承包人而言，任何一项主要材料的大幅波动都会带来巨大的影响。
10、工程索赔的风险
索赔是合同和法律赋予受损失者的权利，对于承包商来讲是一种保护自己、维护正当权益，避免损失、增加利润的手段。因此，合同双方在签订合同时要明确约定双方的权利、义务和工程赔偿内容的条款，防止因合同约定不明确而发生误解甚至产生纠纷导致索赔的风险。
对于施工合同的备案情况，是需要严格基于法律规定的程序和要求来进行处理的，特别是不同的施工合同条款和内容是不同的，所以认定的合同备案情况也是不同的，如果存在上述情况的，可以导致备案程序的无法通过。
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