施工合同的补充协议还需要备案，施工合同要求备案是建设部做出的规定，补充协议作为合同的组成部分，也应按照建设部的要求到主管部门备案。由于建设部所做规定不属于法律、行政法规，因此，施工合同未备案并不必然导致合同无效。
相关法律规定：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
2、合同正式文本一式4份原件;
3、合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件;
4、招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标(发包)程序完成证明书”或“中标通知书”复印件(核原件);
5、非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件;
6、建设单位与施工总承包企业签订的已办理备案手续的施工总承包合同复印件;
7、建设单位同意工程分包的证明原件(劳务分包或已在总承包合同中约定分包的工程可不提供);
8、分包工程承包人为外地企业的，应提交其资质证书，以及项目经理(建造师)资格证书复印件(核原件);
9、非招标工程，应提供分包工程承包人安全生产许可证、项目经理安全生产考核合格证复印件(核原件)。
对于已经签署了施工合同的当事人来说，若是在合同签署之后，通过查看合同，发现合同之中对施工合同的期限没有作出约定的，或者是合同之中对合同价款的没有作出约定的，那么可以签署补充协议。由于补充协议也属于施工合同的一部分，故此也是需要办理备案手续的。
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