施工合同备案的程序为先到网上进行申报，然后线下进行办理相关手续。
法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
施工合同是需要备案的，并且在签订合同的七天之内就需要进行备案。
《招标投标法》第四十七条规定：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
1、《建设工程施工合同备案表》(收取原件4份，此表要到政务中心窗口领)。
2、全部《建设工程施工合同》;
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本)， 招标文件和招标控制价及电子数据，(收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份)。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据(收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份，)。
5、经发、承包双方确认的工程预算书(收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份，)。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函;(查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
7、法定代表人授权委托书(收取原件1份)。
8、《办理建管手续联系单》(查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份)。
9、中标通知书(收取加盖申请单位公章的复印件1份)
施工合同是需要备案的，在施工合同签订七天之后就需要送到建设行政主管部门进行备案。一般招标人和中标人在中标通知书发出的三十天内就需要进行签订施工合同，并且在签订施工合同以后，不能够签订其他类型的阴阳合同，否则会追究其法律责任。
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