如果该工程属于公共工程的话就应该以备案的施工合同为准；如果该工程是非公共工程的话就应该以实际的施工合同为准。
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”该规定的立法渊源是我国招标投标法，如果属于必须招投标的工程项目，应当强制适用该规定。
《招标投标法》第3条规定：“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：
(一)大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目;
(二)全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目;
(三)使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目”。
该规定的工程主要涉及公共工程，由于此类工程涉及国家公共利益，当事人订立“阴阳合同”极易扰乱社会经济秩序和损害社会公共利益，因此应认定实际施工的“阴合同”属于违反法律和行政法规的无效合同，必须适用中标合同进行工程结算。
（一）《建设工程施工许可申请表》原件;
（二）合同正式文本一式4份原件;
（三）合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件;
（四）承包人为外地企业的，应提交承包人资质证书以及项目经理(建造师)资格证书复印件(核原件);
（五）招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标(发包)程序完成证明书”或“中标通知书”复印件(核原件);
（六）非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件。政府投资工程(涉及国家安全、国家秘密的工程、应急建设工程和抢险救灾的建设工程)还需提供审计专业局出具的审计报告复印件。
施工合同备案的话要提交备案的申请书；双方当事人签订的施工合同（四份原件）；承包人的资质证书；双方当事人的身份证明等材料。合同备案之后有更改的还要进行备案。
延伸阅读：
为适应建立社会主义市场经济体制需要，加强...
原告东莞市XX消防安装公司诉称，自199...
