当事人实际履行的施工合同与备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。
法律、行政法规规定不是必须进行招标的建设工程，实际也未依法进行招投标，当事人将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。
法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
1、《建设工程施工许可申请表》原件;
2、合同正式文本一式4份原件;
3、合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件;
4、承包人为外地企业的，应提交承包人资质证书以及项目经理(建造师)资格证书复印件(核原件);
5、招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标(发包)程序完成证明书”或“中标通知书”复印件(核原件);
6、非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件。政府投资工程(涉及国家安全、国家秘密的工程、应急建设工程和抢险救灾的建设工程)还需提供审计专业局出具的审计报告复印件。
办理合同备案时，需要采用网上申报的方式。承包人登录官网，在合同备案管理系统上提出申请，准备好办理和备案合同时所需要的手续。等待备案机关审核通过后会签发合同备案申请表，符合要求的会在该表上加盖合同备案专用章。
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