施工合同与备案合同如果不一致以已经备案了的合同为准根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
二、备案的流程
(1)网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
(2)办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
(3)正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
办理施工合同备案手续需要提交的材料，是根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第十一条 招标人自行办理施工招标事宜的，应当在发布招标公告或者发出投标邀请书的5日前，向工程所在地县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案，并报送下列材料：
(一)按照国家有关规定办理审批手续的各项批准文件;
(二)本办法第十一条所列条件的证明材料，包括专业技术人员的名单、职称证书或者执业资格证书及其工作经历的证明材料;
(三)法律、法规、规章规定的其他材料。
招标人不具备自行办理施工招标事宜条件的，建设行政主管部门应当自收到备案材料之日起5日内责令招标人停止自行办理施工招标事宜。
在司法实践中，不管具体是房屋施工合同、还是其他类型的建筑施工合同签署后，都是需要办理备案手续的，需要先收集备案需要的相关材料，所以在备案合同与其它合同存在误差的情况下，肯定要以备案的合同为准。
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