施工合同备案后又签补充合同的，要对合同进行重新备案，合同需要合同当事方协商达成一致的意见后才能补充，要将变更的合同或补充合同重新备案。合同中权利义务的变更，以及合同主体的变更，通常来讲都是可以的，只要权利的让与人同意，或者义务的受让人同意，一般即可生效。根据《民法典》第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。
二、施工合同怎么写?
建设工程施工合同
发包方(以下称甲方)：
承包方(以下称乙方)：
根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国建筑法》及其它有关法律、行政法规，为明确双方在施工过程中的权利、义务，经双方协商自愿签订本合同。
第一条工程项目
1、工程名称：
2、工程地点：
3、工程内容：
4、承包形式：
第二条工程期限
第三条工程价款、结算及付款方式
双方同意按下述第方式支付本合同价款，甲方付款前，乙方应提供正式发票。
第一种方式：本合同实行固定总价，经甲乙双方核定按本工程合同包干价为元人民币(大写：)。任何政策性因素和市场因素均不调整包干价。
3、余款元作为质量保证金，待保修期满后十五个工作日内无息支付。
第二种方式：本合同实行按实结算，双方使用晨曦软件，依据最新现行定额计价规范和施工期(或材料定购期)的信息价(信息价不明确的以甲方确认材料价为准)进行计算，计算后的总价下浮%作为本合同的结算价款。
1、甲方于支付元;
2、乙方施工完成并经甲方验收合格后，提交竣工验收报告及工程决算书，经甲方审核确认后，付至结算价款的95%，留5%做质保金，待保修期满后15个工作日内付清。
3、工程量及价格签证，签证单都必须有甲方现场代表签字并加盖公章后方可作为结算依据。
第四条建筑材料、设备的供应和采购
1、工程材料、设备由乙方采购。
2、乙方采购的材料、设备，必须附有产品合格证和试验报告才能用于工程，甲方认为乙方提供的材料需要复验的，乙方应按要求提供复验报告。经复验符合质量要求的，方可用于工程;复验不符合质量要求的，应退货处理，其复验费和退货损失由乙方承担。
第五条施工与设计变更
1、甲方签字认定交付的设计图纸、说明和有关技术资料，作为施工的有效依据，乙方不得擅自修改。
2、甲方因使用功能提出的变更内容，为不影响施工进度，乙方应先行实施，并及时做好现场签证。
3、设计变更增减数应以甲方代表签证单为依据，工程采用包干价，对增减部份的工程款由甲乙双方协商确认。
第六条工程质量管理及验收
第七条安全施工
乙方应遵守工程建设安全生产有关管理规定，严格按安全标准组织施工，采取必要的安全防护措施，消除事故隐患。由于乙方安全措施不力造成事故的责任和因此发生的费用，由乙方承担。
第八条质量保修
第九条违约责任
第十条纠纷解决办法
因本合同产生纠纷，如协商无法解决，双方均有权向甲方所在地人民法院提起诉讼。
第十一条附则
甲方：xxxxxxxxxxxxxxxxx
乙方：xxxxxxxxxxxxxxxxx
代表：xxx 代表：xxx
虽然施工合同现在备案已经不是了，必须具备的才能够使合同生效的内容，但是如果已经有施工合同进行备案，而且在备案之后，合同的内容已经展开。但是此刻按照原合同备案的步调一致，将补充合同也进行重新备案，然后才可以继续展开施工工作。
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