一、建筑施工合同备案超过备案时限是否合法？
建筑施工合同备案超过备案时限是合法的，建设工程施工合同不需要备案，现在已经取消了建筑施工合同的备案。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》
第四十六条
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
中标人不与招标人订立合同的，投标保证金不予退还并取消其中标资格，给招标人造成的损失超过投标保证金数额的，应当对超过部分予以赔偿;没有提交投标保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任
招标人无正当理由不与中标人签订合同，给中标人造成损失的，招标人应当给予赔偿。
二、施工合同纠纷解决方式是什么?
1、和解。
和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
2、调解。
凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。
申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。
双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。
3、仲裁。
仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
4、诉讼。
诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。
在当代的中国，目前如果是属于双方当事人在协商一致的情况之下签订的建设工程施工合同的话，那么就需要仔细的阅读合同当中的内容，日后关于合同方面发生一些纠纷的话，也是需要提交书面的合同，提供人民法院解决双方的纠纷的，而且根据最新规定不需要备案。
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