一旦建设工程被人民法院或建设行政主管部门认定为工程转包，就必然会产生一系列纠纷的发生，那么掌握如何来处理这一系列纠纷就显得尤为必要了。
1.工程转包合同效力的认定及处理原则
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，工程转包人和被转包人之间签订的建设工程施工合同无效，人民法院在认定施工合同无效时，可以同时依法收缴当事人已经取得的非法所得。
2.承包人与发包人之间纠纷的处理
承包人与发包人一旦签订了建设工程施工合同，承包人就应当按照合同约定全面履行合同义务。如果承包人非法转包工程项目，从施工合同主体的相对性角度来看，承包人就构成对施工合同的实质性违约，发包人当然可以根据施工合同的约定追究承包人的违约责任并可以依法解除与承包人签订的施工合同。因承包人的非法转包工程行为，造成工期延误及出现工程质量问题的，发包人还可以向承包人提出赔偿要求。
如果承包人是采取挂靠方式非法转包工程的，出借资质的被挂靠施工企业与建设单位所签订的施工合同无效。挂靠人与被挂靠人对建设单位因此而造成的损失承担连带赔偿责任。如果建设单位在知情的情况下，仍然与被挂靠的施工企业签订施工合同的，则建设单位对该转包行为也有过错，建设单位应当承担相应的过错责任。
当承包人非法转包工程被依法认定为无效后，承包人与发包人之间就不可避免的会产生工程款就算纠纷。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第三条的相关规定，工程款如何结算取决于工程是否竣工验收合格。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
转包人与被转包人之间签订的施工合同依法被认定为无效后，转包人与被转包人不可避免的会产生一定的经济损失。对于经济损失，应根据双方当事人(即转包人与被转包人)的过错程度和责任大小，确定他们应当承担的赔偿数额。因无效合同造成的损失范围，一般包括误工费、停工费、保管费、机械设施闲置费、租赁费、临时设施建造费等直接与该工程有关而独立发生的费用等。
4.工程转包纠纷诉讼当事人的确定
一项工程被认定为工程转包而产生一系列纠纷时，诉讼中如何确定各当事人的诉讼地位对于诉讼成败尤为关键。如果分包人对工程转包合同纠纷提起诉讼，应列转包人和被转包人作为共同被告;如果是转包人与被转包人之间的合同纠纷，则以转包人和被转包人为诉讼主体，建设单位列为第三人;如果是发生多次转包的，则列直接产生纠纷的当事人为诉讼主体，将其他各方列为第三人。
如果承包人是采取挂靠方式非法转包的，承包人与建设单位发生的纠纷起诉到法院的，一般应以挂靠施工单位和被挂靠施工单位作为共同诉讼人，起诉或应诉。如果施工单位挂靠其他建筑施工企业，并以被挂靠施工企业名义签订施工合同的，被挂靠建筑施工企业不愿起诉的，施工单位可作为原告起诉，不必将被挂靠建筑施工企业列为共同原告。
