工程价款结算应该按照合同约定进行办理。合同未作约定或者约定不明的，应该依照相关规定与文件协商处理。当事人对合同造价有争议无法协商解决的，可以通过向人民法院提起诉讼或者申请仲裁。
《建设工程价款结算暂行办法》第十一条规定：工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：
(一)国家有关法律、法规和规章制度;
(二)国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定;
(三)建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件;
(四)其他可依据的材料。
第二十条规定：当事人对工程造价发生合同纠纷时，可通过下列办法解决：
(一)双方协商确定;
(二)按合同条款约定的办法提请调解;
(三)向有关仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。
1、按月结算
实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。我国现行建筑安装工程价款结算中，相当一部分是实行这种按月结算。
2、竣工后一次结算
建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包合同价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。
3、分段结算
即当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。分段结算可以按月预支工程款。分段的划分标准，由各部门、自治区、直辖市、计划单列市规定。
4、目标结款方式
即在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程价款的前提条件。也就是说，将合同中的工程内容分解成不同的验收单元，当承包商完成单元工程内容并经业主(或其委托人)验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。目标结款方式实质上是运用合同手段、财务手段对工程的完成进行主动控制。
5、 结算双方约定的其他结算方式、
《民法典》第八百零七条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。”
该条规定确立了我国的工程价款优先权制度，所谓工程价款优先权，就是指当发包人违约不支付工程价款时，承包人可以和发包人协商以“工程抵款”或者直接申请法院强制拍卖工程获得优先受偿的制度。
