1、事由不同。申诉是对处分决定不服或者其他处理决定不服所提出，是对案件的结果提出的异议;控告是指揭露个人、单位或者组织违法行使权力，侵害控告人合法权益的事实并要求惩处的行为。
2、目的不同。申诉的目的是为了撤销、变更处分或者结论;控告的目的是保护自己的合法权益，惩治违法违规人员。
3、处理方式不同。对申诉的处理是进行复议、复查;对控告的处理是按照有关规定进行审查核实。
(1)申诉必须由公务员本人提出。申诉应当由受到人事处理的公务员本人提出，不涉及本人权益的申诉，公务员无权提出。若其公务员本人丧失行为能力或死亡，可以由其近亲属代为提出。
(2)申诉的对象局限于涉及公务员本人权益的人事处理决定。人事处理决定是公务员管理机关对公务员的考核、培训、奖惩、交流、回避、职务升降、职务任免、辞职、辞退和工资福利等作出的处理决定。具体分为行政处分决定和非行政处分决定两种。前者是对公务员违反义务和纪律的行为作出的惩戒，后者是因其他事由对公务员作出的处理。
(3)申诉的原因是公务员认为人事处理决定违法或不当且损害了自己的合法权益。认为人事处理决定违法或不当，这只是当事人本人的主观认定;人事行政处理决定是否确实违法或不当，还有待于受理申诉的机关的审查和判断。因此，公务员提起申诉，并不要求人事处理决定确实违法或不当，而只要公务员主观上认为其违法或不当就可以提出申诉。
(4)公务员申诉的目的是为了维护自己的合法权益。公务员申诉的主要目的在于维护和保障其本人的合法权益，及时纠正公务员所在机关违法或不当的人事处理决定。从某种意义上说，公务员的申诉是国家为保护公务员的合法权益而设立的一种事后补救制度，公务员法赋予受到处理的公务员提供表达意见，要求纠正违法或不当的人事行政处理决定的权利。
综合上面所说的，申诉与控告两者都是属于因不服判决的结果而向上一级机关提出重新保护自己权益的行为，但对于两者在提出时所存在的事由，以及还有目的是不同的，但不管是哪一种在提出时都需要有合法的证明材料 ，这样上级部门才会依法的处理。
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