公益诉讼的主体主要包括人民检察院、社会公益团体、个人等等。无论自然人、社会组织、检察机关还是行政机关作为原告参与公益诉讼，都存在各自的优势和劣势。因此，建立一种互补的多元制主体模式将更符合现实所需。每一个人都是自己利益的最佳保护者，予公民公益诉讼起诉权是法律和社会发展的必然趋势。
（一）人民检察院：人民检察院是中华人民共和国国家法律监督机关。其作为国家公诉机关，代表公共利益提起诉讼，这是天经地义的事情，是其本身的职责所在。刑事诉讼中，检察院代表国家对犯罪嫌疑人提起诉讼以追究其刑事责任，作为政府的代言人，很大程度上就是为了推动、维护和实现社会公共利益。
（二）社会公益团体：社会公益团体是指非政府的、不把利润最大化当作首要目标，且以社会公益事业为主要追求目标的社会组织与团体。市民社会需要通过在公共领域进行公共沟通才可能达成，不是任何一个人有权力说我代表、我限定、我就是就能实现的，因此，公益诉讼更多的应是一种动员、沟通、教育的方式，通过这些方式来实现公共利益。
（三）个人：或者称个体，一般指一个人或是一个群体中的特定的主体。个人在什么样的事件当中能够声称自己代表公共利益，当然这种所谓的代表公共利益都是声称，都是自己认为的。
(一)两者所维护的法律规范的性质不同，前者所要维护的是行政法律规范，后者所要维护的是民事法律规范;
(二)两者的被告不同，行政公益诉讼以行政机关或其他公权机关为被告，而民事公益诉讼则以民事主体(或私人)为被告。
综上所述，公益诉讼的主体主要包括人民检察院、社会公益团体、个人等等。无论自然人、社会组织、检察机关还是行政机关作为原告参与公益诉讼，都存在各自的优势和劣势。
民事公益诉讼和行政公益诉讼的区别主要在于前者是以民事主体为被告的，而行政公益诉讼的被告人是行政机关或者是其他机关。公益诉讼也是需要申请的。
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