行政合同是行政机关为实现行政目的，与相对人平等协商达成一致的协议。与民事合同不同，虽然订立行政合同时双方处于平等地位，但是在合同履行中，行政机关具有一定的优益性，以解除权为例，行政机关能够基于公共利益和社会利益的需求单方解除合同，并给与相应的国家赔偿，而普通的民事主体则只能在法定事由的情况下解除合同，行政合同有其自身的独特性，这就决定了在行政诉讼过程中具有鲜明的特点。
对行政合同履行过程中的纠纷提起诉讼应该提起的是行政诉讼还是民事诉讼?行政合同虽然叫合同但是按照我国的法律规定行政相对人应该提起行政诉讼，法院在审理订立行政合同这一具体行政行为时附带审查行政合同，这体现了国家对行政权的尊重。因此如果当事人提起了民事诉讼，法院应该告知其变更诉讼请求，提起行政诉讼。值得注意的的是行政合同能否提起行政复议，法律明确规定可以提起行政复议的协议仅限政府特许经营协议、土地、房屋等征收征用补偿协议和其他行政协议，其他合同是否能提起行政复议，只能以具体情况而定。
搞清楚行政合同纠纷应该提出的是行政诉讼之后，就可以确定应该到哪里提出行政诉讼，依照我国行政诉讼法的规定，一般情况下是到作出行政行为即订立行政合同的行政机关所在地提起诉讼，对不动产纠纷则应到不动产所在地提起诉讼;除非是对国务院部门或者县级以上的政府、海关到中院提起诉讼，其他一律到基层人民法院提起诉讼。
3、举证责任
我国法律行政合同的举证责任的分配原则并没有明确的规定，实践中通常采用二分法，行政诉讼主要审查的是行政行为的合法性，因此对于订立合同等具体行为的合法性存在争议的，行政机关承担举证责任，对违约责任其他事由则采用“谁主张谁举证”的方法，但举证责任仍有待法律不断完善。所以不同于普通的行政行为诉讼，当事人承担的举证责任比一般行政诉讼的举证责任要重。
4、依照国家赔偿的程序获得赔偿
如果法院认定行政机关应该承担行政责任，那么行政相对人则可以获得相应的赔偿，与民事合同不同的是，行政相对人应该依照国家赔偿的程序申请赔偿，因此当拿不到赔偿款时，应当先向赔偿义务机关提出，不能直接提起行政诉讼，赔偿请求人可以自期限届满之日起三个月内才可以人民法院提起诉讼。
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