1、民事案件开庭被告被羁押不可以缺席判决，因为根据《民事诉讼法》第一百四十四条规定：被告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。
被告由于被羁押不能出庭的情况，并不属于《民事诉讼法》第一百三十条明确规定的“无正当理由拒不到庭”，因为被告主要是客观不能为，而不是主观不想为，法院可以把被告从羁押场所提到法院开庭，也可以在被告被羁押的场所开庭。无论是犯罪嫌疑人还是被判处刑罚的罪犯，其民事权利和诉讼权利与其他人是平等的。所以，人民法院不应进行缺席审理，也不能作出缺席判决。
2、被告因被羁押不能出庭审理案件的，可以委托代理人出庭或者向法院申请中止诉讼。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百五十条 有下列情形之一的，中止诉讼:
(1)一方当事人死亡，需要等待继承人表明是否参加诉讼的;
(2)一方当事人丧失诉讼行为能力，尚未确定法定代理人的;
(3)作为一方当事人的法人或者其他组织终止，尚未确定权利义务承受人的;
(4)一方当事人因不可抗拒的事由，不能参加诉讼的;
(5)本案必须以另一案的审理结果为依据，而另一案尚未审结的;
(5)其他应当中止诉讼的情形。
中止诉讼的原因消除后，恢复诉讼。
人民法院对原告的有关材料进行审查后，认为符合立案条件的，应立案受理。在立案受理后，应该查明以下事实，根据不同情况处理：
1、如果刑事案件对民事案件有影响的，等刑事案件裁判后再审理民事案件;
2、如果是由刑事案件引起的民事案件，符合条件可以提起附带民事诉讼。被告确因涉嫌犯罪正在羁押的，参照先刑事后民事的原则，根据规定，裁定中止本案诉令，这样更有利于查清案件事实，保护原、被告双方的合法权益。
3、如果刑事案件对民事案件没有影响的，可以直接审理民事案件，不用等刑事案件的裁判。
民事纠纷若是已经被法院受理，但是在案件审理结束之后，被告就已经被法院逮捕的，此时若是羁押已经影响到了民事纠纷的审理，此时法院可以选择中止处理案件，或者加压人员也可以与他人签署委托书，由辩护律师来参与民事纠纷的处理事宜。
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