发生的阶段不同，不起诉发生于审查起诉阶段，由人民检察院的公诉部门作出。撤销案件发生于侦查阶段，由人民检察院的反渎、监所部门作出。法律效果不同，撤销案件的，犯罪嫌疑人不承担任何不利后果。而不起诉又分为相对不起诉和绝对不起诉。
不起诉和撤销案件是两种形式不同但法律后果基本相同的程序处理决定。做出不起诉决定和撤销决定后，都意味着程序上终止了对犯罪嫌疑人刑事责任的追究。因而适用的条件和对象基本相同，但是这两种处理仍然有一些不同之处：
(1)适用阶段不同。撤销案件只能适用于侦查阶段，不起诉则是在审查起诉阶段适用。
(2)适用对象不同。撤销案件只能由有权立案的机关作出，不起诉决定可以适用于自己立案侦查的案件，也可以适用于公安机关立案侦查的案件。
(3)使用的主体范围不同。不起诉只能由人民检察院决定，撤销案件既可以有人民检察院作出，也可以由公安机关作出。
(4)意义不完全相同。撤销案件具有明显的纠错性质，不起诉则具有不能追究、从宽处理和纠错的三种属性。
二、免予起诉和不起诉的区别?
(1)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。
(2)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。
不起诉针对的是没有实质犯罪行为或犯罪未遂的犯罪嫌疑人，不追究其刑事责任。免于起诉是指已经构成犯罪事实，必须负刑事责任，但是由于刑法的规定不需要处罚。不起诉法律上有明文规定，而免于起诉需要根据案件的具体状况来作出决定。
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