土地流转后征收土地款项归属需要区分具体的情况，就比如土地转包与出租、土地互换与转让，前者土地的补偿不发生变化由土地原有人享有，而土地进行互换或者转让，遇到征地后土地补偿款由受让方来获得。具体内容如下：
1.青苗及地上附着物的拆迁补偿
土地转包或者出租后，土地的实际使用人不再是土地承包经营权人，应该是接包人或者土地承租人，一般情况下青苗及地上附着物的补偿应该归实际投入人或者附着物的所有权人。具体的法律依据规定在《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第22条。
不过关于青苗补偿费的归属，当事人之间在转包合同和出租合同中有明确约定的，从其约定。而对于地上附着物，比如房屋的补偿，如果地上附着物由原土地承包经营权人修建，在转包和出租时接包人和承租人仅依约定取得附着物使用权的，则附着物补偿费归原土地承包经营权人所有; 如果在转包和出租时地上附着物的所有权发生变动，由接包人和承租人取得所有权的，则附着物补偿费归接包人和承租人所有。
2.土地补偿费与安置补助费
土地承包经营权转包、出租后虽然实际使用土地的人发生了变化，但是土地承包经营权人并没有发生改变。所以该笔补偿费应由转包人、出租人取得。但是并不能说土地补偿与接包人或者承租人毫无关系。合同当事人事先在转包合同、出租合同中约定承包地被征收时对接包人和承租人的补偿方式和补偿标准的，接包人和承租人依照转包合同、出租合同的约定获得相应的补偿。
安置补助费是对失去土地的集体成员的专门补偿，所以安置补助费的归属问题，关键在于接包人、承租人是否属于同一集体经济组织成员。一般情况下接包人属于安置的对象范围，而承租人属于集体经济组织之外的其他单位或者个人，所以无权要求安置补助费。
土地互换指的是为了方便耕种或者其他需要，同一集体经济组织的承包地块可以互换，同时交换相应的土地承包经营权。土地承包经营权转让是指，经承包方申请和发包方同意，将部分或者全部土地承包经营权转让给其他农户，转让后原土地承包关系终止，原承包人的土地承包经营权部分或者全部灭失。
3.互换后的补偿归属
土地互换表面上是互换各自耕种的土地，其实质是土地承包经营权的互换，所以进行互换后各自又重新与发包方建立了土地承包关系。互换后发生土地被征收的，由互换后的土地承包经营权人享有相应的补偿。
4.转让后的补偿归属
从概念得知，转让后原承包人的土地承包经营权会相应的丧失。在转让范围内，原承包人即退出承包关系，受让方与发包方形成新的承包关系，土地承包经营权的权利主体发生变更，所以受让方成为新的土地承包经营权人，有权享有转让土地被征收时所对应土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等。
综上所述，在农村如果农民已经把自己的土地流转给他人的话，之后所产生的各种征地补偿费用是需要根据不同的情况来分配的，如果是在流转过后所有权和使用权也同时转移的话是需要把款项交给被流转人的，除非他们之间已经有所约定。
延伸阅读：
房屋土地征收补偿计算公式
国有土地上房屋征收与拆迁补偿条例
农村土地征收补偿最新标准
