第一，判断出具评估报告的主体即评估机构和评估工作人员是否具备相应的从业资格。根据《房地产评估机构管理办法》第二十五条的规定房地产估价机构需在其资质等级许可的范围内从事估价业务。其中，暂定期内的三级资质房地产估价机构不得从事城镇房屋拆迁房地产估价业务。目前国内房地产评估机构分为一、二、三级，也就是说适格的主体应当取得相应级别的资质证书并在其资质等级许可范围内从事业务，此外其还需取得营业执照。同时，以评估机构名义开展评估活动并出具评估报告的评估师，应当经过登记注册，取得注册房地产估价师证书。
第二，判断选择评估机构的方法是否合法。根据《国有土地上房屋征收评估办法》第四条规定房地产价格评估机构由被征收人协商选择;协商不成的通过多数决定或者随机选定来确定。也就是说协商自主选择是法定的方式，以前由征收人指定的做法是不具有合法性的。
第三，判断房屋征收评估报告的内容和形式是否符合法律的规定。内容方面，评估机构应该坚持客观、公正、独立的原则，不受任何第三方的不法干扰，按照市场比较等估价方法，同时符合《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条的要求，“对被征房屋价值的征收补偿，不得低于房屋征收决定公告之日与被征收房屋类似房地产的市场价格”。
第四，判断评估报告的产生程序是否合法。评估机构接受委托后，应当依次进行如下工作：(1)实地查勘形成记录，并让房屋征收部门、被征收人和注册房地产评估师签字或者盖章;(2)提供分户的初步评估结果并进行公示;(3)向房屋征收部门提供委托评估范围内被征收房屋的整体评估报告和分户评估报告;(4)对被征收人或房屋征收部门提出的疑问进行解答;(5)对提出评估复核请求的，应当告知评估结果。可以说，未按上述流程操作而产生的评估结果是具有程序瑕疵的。
第五，判断评估报告是否超出了有效期限。通常情况下，评估报告的有限期是一年，期限届满后自动失效。
第六，判断是否将分户评估报告送达给被征收人。将分户评估报告送达被征收人是必经程序，若不进行送达不但损害当事人的知情款，也实际上剥夺了其提出异议的权利。
综上所述，对于确定房屋征收评估报告是否合法需要从房屋征收的评估报告中该评估机构是否具有资质，而且也要判断选择的评估机构的方法是否合法，而且评估报告应该是有一个有效期限的，期限届满后自动失效。
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