(一)适用的法律程序不同。国家建设征收土地适用《土地管理法》及其配套法规中关于国家建设征收土地的规定;城市房屋拆迁适用《城市房屋拆迁条例》的规定。
(二)适用范围不同。国家建设征收土地的适用范围是农村集体所有的土地;城市房屋拆迁的适用范围是城市规划区内的国有土地。
(三)行为所指向的标的不同。国家建设征收土地指向的标的是农村集体土地所有权;城市房屋拆迁指向的标的是房屋。
(四)法律后果不同。国家建设征收土地导致的法律后果是农村集体土地所有权的消灭;城市房屋拆迁导致的法律后果是被拆迁房屋所有权的消灭以及房屋产权的等价调整或者价值的交换。
很显然，征收土地与房屋拆迁是不同的行政管理行为，依法分别由负有相应职能的行政机关行使管理权。依照《城市房地产管理法》第六十三条的规定，某些地方由一个机关统一负责土地管理和房产管理(或者房屋拆迁管理)工作的，该机关可以依法分别行使该两项职权，遵循相应的法律程序对征收土地和房屋拆迁实施行政管理。依法行政体现在每个具体行政行为上首先应该是依法定程序行政。只有通过程序正义，才能达到结果正义，只有实现程序的公正，才能体现结果的公正。按照依法行政关于职权法定的原则和行政行为应当符合法定程序的要求，征收土地的行政管理职权和房屋拆迁的行政管理职权不能混淆;组织实施征收土地的法律程序和组织实施房屋拆迁的法律程序在具体操作中不能串用。
二、协议拆迁的陷阱
1、协议拆迁达成的“拆迁补偿协议”属于民事协议而非行政协议。
民事协议中拆迁方违约成本低，撑死胆大的饿死胆小的，实践中违约的例子数不胜数，被拆迁方维权成本很高，即使去打官司又如何呢?开发商要钱没有要命一条，村委会解散了新干部不了解情况，拆迁办公室也消失的无影无踪……这种情况下被拆迁户的利益保护更是无从谈起，只能认命了。
与此截然不同的是行政协议，相关部门作为适格的被告，承担更大的风险，不光是输了官司，可能还要面对可怕的党纪处分甚至刑事责任，所以一般和相关部门签订了拆迁补偿协议之后实际履行的可能性比较高，特别是法治环境比较好的大城市。
2、相关部门暗藏背后控制全局。
一般由相关部门主导的拆迁，相关部门不敢随意强拆，必须走一遍相关程序，被拆迁方对拆迁补偿不满意也可以通过集体力量向对方施加压力，可能对方基于工期不能耽误或者别的原因而提高补偿。
但是协议拆迁中，相关部门在背后控制全局，自有开发商或者其他民事主体冲锋陷阵，威逼利诱让被拆迁户签字。
3、拆迁主体是一般民事主体，不受行政法规的限制，有很大的灵活性。
协议拆迁只要双方就拆迁达成一致就可以，没有太多繁杂程序，为拆迁方节约了时间和成本，反之对被拆迁户来说，少了各种繁琐程序的保护，自己的利益不仅可能落不到实处反而会遭到对方任意践踏，最终得不偿失。
在司法实践中，征地拆迁与协议拆迁都应当经过政府规划部门的开发利用情况审查，必须在符合相关法律规定，和土地开发使用的需要的情况下才可以进行拆迁，而且双方在对相关情况，如土地补偿、附着物赔偿达成一致后都要签订协议来认定。
延伸阅读：
征地拆迁行政诉讼 律师费用是多少？
征地拆迁流程是怎样的
拆迁征地补偿标准是怎样的
