土地流转确权证归属问题，较多的主要集中在地块权属、地块面积等方面：
块权属方面
1、代耕代种
大致分为两种情况：一种是承包农户承担相应的农业生产成本，享受相应的农业生产收入，同时自己承担农业税费或享受粮食补贴;一种是承包农户将生产权、收益权进行转移，不承担农业生产成本，也不享受农业生产收入，即不拥有经营权，只是保留了土地承包经营权的基本权利——承包权，因此也保留了承包权附带的权利和义务——承担农业税费或享受粮食补贴。
对于上述情况，农村一般有较为一致的认识，无论是重新分田、年终流转分配等，还是收取农业水电费、筹资筹劳等，均视同农户常年在家，由原户主享受或承担。
因此，在确权过程中，代耕代种地块的权属应归原承包户所有，代为耕种农户仍按照自己本身的承包地确权，即“各确各的权”。确权过程中之所以产生纠纷，主要牵涉代耕代种期间，部分代耕户为原户主承担了一定的农业税费、水电费、筹资筹劳等，他们不愿意无偿返还权属。
2、互相调田
在农户自己看来，这种调田方式已经完成了土地承包经营权的转移，但在法律和政策上，有的不符合《农村土地承包法》、《村民委员会自治法》的规定程序。因此，在确权过程中，既要妥善照顾到农户的感情和利益，又要切实合乎法律、符合政策，把两者兼顾好。对于二轮承包之后农户私下调田的，原则上应返还权属，即“先归还、再确权”。
3、弃耕后要田
这些弃耕又要田的农户一般都是经济状况较好、较早迁往城镇的家庭，群众和确权的村组干部在感情上难以接受返还其承包权的要求。但根据确权要“长期化”、“固化”的政策，不能因为其曾经抛荒弃种的短期行为，而使其失去这份长久的、要固化的财产权。因此，对于弃田后再要田的农户，应分情况进行处置：曾经明确放弃责任田，村委会有申请书、承认书的，在本轮承包期内不确权;对举家迁入设区以上城市的，可动员其放弃要地诉求，收归集体;对举家迁入小城镇的，尊重其意愿，动员其与现耕种农户协商解决，同时予以一定的经济补偿。
4、承包地被部分征用
确权中会遇到的矛盾是：有的村组认为承包耕地是集体所有，因此将部分承包地的征地补偿费在全组农户中按照人口、承包地面积等进行分配，没有和被征承包地绝对挂钩。现在被部分征地的农户对确权工作提出要求：要么重新分地，要么重新分钱。承包地部分征收可以这样处理：征地补偿费由被征地农户享受的，已征面积不确权，其他未征收面积确权;由其他农户共享的，可以根据农户要求，按照现有人口重新分配未征地面积后再确权，即“先调田、再固化”。
5、集中居住
集中居住是指在新农村建设中，少数农户响应政府号召，拆除过去住在村组内的散居房屋，搬进统一规划建设的集中居住点。集中居住只是改变了农户的宅基地，没有改变农户的承包经营权和承包地。但对于规划建设集中居住点的村组来说，其承包经营权和承包地已经改变了。目前集中居住的试点中，一般有两种用地模式：一是征收，二是临时用地，即视同流转，每年支付流转费。对于临时用地模式，原则上要尊重农民意愿确权确地到户，如果群众有要求，也可以“确股确利”。
