土地征收程序违法的，可以投诉或者申请行政复议，有异议的可以起诉处理，并追究有关人员的法律责任。依据《国土资源部办公厅关于严格管理防止违法违规征地的紧急通知》的规定，对违法违规征地、采取暴力方式征地等侵害农民利益行为，引发群体性或恶性事件的，要按照有关规定对有关责任人员严肃追究责任。
《行政复议法》第28条规定对违反法定程序的，复议机关按照下列规定作出行政复议决定：“决定撤销、变更或确认该具体行政行为违法;决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新做出具体行政行为。”
我国《土地管理法》第78条第2款规定：“非法批准征用、使用土地，对当事人造成损失的，依法应当承担赔偿责任。”
我国《国家赔偿法》第4条第3款规定：“违反国家规定征收财物的，受害人有请求赔偿的权利。”
从上述法律规定来看，我国确定了土地征收侵权的行政赔偿制度。政府及土地行政主管部门在征收的过程中违反了《宪法》、《土地管理实施条例》等法律和法规，并造成了被征收人土地权益受损的后果的，符合国家赔偿要件。所以，被征收人可以选择行政诉讼的途径对自己的权益进行救济。人民法院在审理此类案件时，可适用国家赔偿法、行政法等法律的相关规定。
如果发现有基层政府有违法征地，可以向其上一级人民政府举报，问题严重，构成犯罪的，可直接向当地公安机关或者人民检察院举报。根据《国土资源部办公厅关于严格管理防止违法违规征地的紧急通知》的规定，按照《国务院办公厅关于进一步严格征地拆迁管理工作切实维护群众合法权益的紧急通知》有关精神，省级政府要加强对征地工作的管理和监督，市、县政府对征地管理工作负总责，有关部门要加强协作、密切配合，落实好征地的各项制度规定。省级国土资源主管部门要加强对征地工作的指导监督，督促市、县政府切实履行责任;市、县国土资源主管部门要依法制定征地方案，严格履行征地程序，会同有关部门做好征地批后实施工作。
以上就是我国法律上对于土地征收程序中出现违法违规行为的具体处理情况，相关事项的办理上，一方面是需要严格基于法律规定来进行认定，另一方面也需要由土地管理部门对有关土地违法行为进行审查，并追究违法人员的责任。
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