《土地管理法》第十六条规定的非常明确，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第七条也规定，村民委员会、乡(镇)人民政府应当加强农村土地承包经营纠纷的调解工作，帮助当事人达成协议解决纠纷。
因此，发生土地纠纷，首先想到的是基层组织，也应该充分相信基层组织。因为农村土地方面的纠纷，都是村委会发包，交换变更也应通过村委会，他们对实际情况了解最清楚，对纠纷对错最有话语权，相信他们能够依法依规调解解决。
1、申请纠纷仲裁，依据事实裁决。
土地矛盾纠纷申请仲裁分两种类型。一种是农村土地承包经营方面的矛盾纠纷，这种纠纷依据的是《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》，需要到办公室设在县级农业部门的仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁委员会受理后会在规定时间内开庭裁决，可以在开庭过程中充分发表意见、陈述事实和理由、提供证据、进行质证和辩论，仲裁庭会依据实事和法律作出裁决。
另一种是其它方面的土地权属争议，这种依据的是国务院《土地权属争议调查处理办法》，需要到县级国土资源部门提出矛盾解决申请，国土资源部门受理后会对相关情况进行全方面调查，并依法拟定处理意见，报同级政府作出处理决定。
2、坚决诉诸法律，依法解决问题。
但是并不是所有的土地问题都不可以去法院，诉讼仍是解决土地矛盾纠纷的最强方式。根据《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第一条规定，下列涉及农村土地承包民事纠纷，人民法院应当依法受理：
(一)承包合同纠纷;
(二)承包经营权侵权纠纷;
(三)承包经营权流转纠纷;
(四)承包地征收补偿费用分配纠纷;
(五)承包经营权继承纠纷，但前提是必须取得土地承包经营权。另外，如果对土地承包经营仲裁委员会作出的裁决或对政府作出的土地权属决定不服，可以依法向法院提起行政诉讼，也就是可以状告有关部门，这时也可以附带民事诉讼，法院就会把土地纠纷问题一起审理了。
3、遇事宽宏大量，让他三尺何妨。
“千里修书只为墙，让他三尺又何妨?万里长城今犹在，不见当年秦始皇。”这首大家耳熟能详的诗句，出自于我国古代一个解决农村宅基地纠纷的经典故事，这个故事对于解决今天的土地矛盾纠纷一样仍然很适用。仔细想一想，土地矛盾纠纷大多发生在邻里之间、亲友之间，有的还可能是兄弟之间、父子之间，土地权属问题本身就比较复杂，有的时候真的很难说清，争来争去，时间也浪费了，亲情也没了，土地也荒了。
因此，对于小的矛盾纠纷，还是要能让一步就让一步，能忍则忍，并且对于土地征收中的安置补偿，还应该为国家集体多考虑一些，多为社会发展做出贡献，只有国家经济发展了，所在城市发展的好，才会对自己有好处。因此说，退一步天高地厚，千万不要争得死去活来。
综上所述，农村土地所有权纠纷的解决办法主要根据实际情况进行，大多数纠纷主要依靠基层通过协调的方式解决，依靠政府，少部分需要通过申请仲裁等法律途径进行解决。总的来说，如果的确情节较为严重，一定要通过法律途径进行维权，如果情节较轻，主要依靠协商。
延伸阅读：
最新的土地出让合同范本
签订农村土地转包协议的注意事项
土地出让金如何计算？
