纠纷的形成原因较为复杂,既有宏观上政策和立法的原因,也有微观上司法、行政管理、及流转行为自身欠缺的原因。
1、立法的欠缺。目前我国法律关于农村土地承包经营权流转方面的规定主要是《土地承包法》的第五节第三十二条至第四十三条，共十二个条文，内容比较原 则,缺乏可操作，对于各种流转方式应当履行的程序性要求，缺乏具体详细的规定。如第三十七条中“采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、 互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案。”的规定，在实践中没有起到约束当事人流转的作用。原因是《土地承包法》中对不依法履行上述程序性要求，应当 承担的法律后果没有相应的规定。所以农民在土地承包经营权流转中很随意且不受拘束。又如，《土地承包法》第五十一条第二款规定，“当事人不愿协商、调解或 协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向有关民法院起诉。”但对仲裁机构的成立及仲裁的具体程序与实体要求并无相应的立法。
2、司法的尴尬。司法作为解决社会矛盾的最后一道屏障。在面对大量涌出的、直接关系到所涉当事人“命根子 ”的利益和农村社会的稳定的这一类纠纷，尽管非常慎重，但仍然难以避免这样的尴尬：重当事人举证就难以保证审判结果公正，因为很多流转户之间根本没有流转 协议，举不出证据来；重个案的法律公正又难以兼顾审判的社会效果，因为一案的裁判结果可能引发大量流转户之间的纠纷和诉讼。
3、流转行为的不规范。《土地承包法》第三十七条规定,“土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或其他方式流转,当事人双方应当签订书面合同。”但实践中,流转行为存在严重不规范的现象:
（1）以农户自行流转为主，极少履行报批、报备案或申请变更登记等法定手续，流转任意性大。
（2）农户流转以口头约定为主。
（3）为数不多的书面流转协议，大多也不同程度地存在概念不清、约定不明、权利义务不确定等问题。
4、镇、村管理服务的缺失。 现在绝大多数乡镇没有行之有效的土地承包经营权流转管理制度，没有真正发挥作用的管理部门和人员，使农村土地承包经营权的流转处于一种无序、近乎失控的状 态；而村集体经济组织对土地承包经营权流转方面的管理也近乎空白，不少村干部没有管理的意识，认为村里中心工作都忙不过来，群众自愿流转不必操那闲心，因 此也就没有这方面的管理措施和管理行为。
5、土地承包经营权证书发放有尾巴。2004年完善土地二轮承包时，许多村工作不实，回避矛盾，应付上级。如有的村承包合同和权证审批表上承包农户未签字而由村干部代签、有的村将农户的证书扣留不发，这些情况在各镇、村均不同程度地存在。
6、农民法律意识和法律知识的缺乏。绝大多数农户认为土地三十年内承包权是自己的，流转与村里没有关系，不必报村里批准或备案；有的农户认为流转无需签订书面协议，都是乡邻乡亲的，平时相互也了解，口头说一下就行了，立书面协议显得见外。
7、仲裁机构没有发挥纠纷仲裁作用。现在多数群众还不知道发生土地承包经营权流转纠纷可以申请仲裁以及如何谁申请仲裁；县仲裁委也由于经费、人员的困扰很难开展工作。
1、纠纷数量随土地价值的提升，呈递增态势。自1998年土地二轮承包至2003年前后，农村土地承包经营权流转行为总体比较稳定，流转双方当事人大体能够保持现状，纠纷的产生微乎其微。近年来，随着土地承包经营权价值的提升，纠纷数量相应增加。
2、当事人之间矛盾激烈,易引发其他纠纷。关于承包经营权的归属或相关费用等方面的纠纷,属于合同类纠纷。此类纠纷由于涉及农民“命根子”利益,一旦形成纠纷,当事人之间对立情绪大,互不相让。如得不到及时、有效地处理,很容易引发民事纠纷甚至刑事纠纷。
3、纠纷调处难度大,难以从根本上化解矛盾。很多纠纷当事人摆出不争到土地誓不罢休的架势。不仅镇、村组织难以调处,形成诉讼后,法院的调解往往也很难奏效。作出判决后,败诉方当事人也常常坚持上诉、申诉,甚至上访,将矛盾不断扩大升级。
4、纠纷隐患大,基层干部忧虑重,对策少。土地承包经营权流转行为存在先天不足,加之后天管理失缺,绝大多数流转行为从一开始就埋下了纠纷的隐患.农村干部虽然深感忧虑,但还没有足够的预防和应对措施。
农村土地承包经营权流转，涉及面广，政策性强。因此有必要从立法、行政、村民自治以及司法各个层面，思考应对策略。
（一）立法建议
建议全国人大常务委员会尽快制定《农村土地承包纠纷仲裁法》，在法律出台同时，国务院应制定《农村土地承包纠纷仲裁规则》,对农村土地承包纠纷仲裁机构 的设立、仲裁的范围、仲裁的程序、仲裁的原则及其他仲裁事项作出明确的规定。该办法所设定的仲裁程序应简便、快捷于诉讼程序,既便于当事人解决纠纷,也减 轻法院受理案件的压力。
（二）行政对策
现阶段，充分发挥并依靠必要的行政手段，能达到预防和处理纠纷的目的。
1、依法将农村土地承包经营权证书发放到户。对尚未发证到户的村，应督促其尽快发放到户；对权证内容有错的，应尽快依法进行更正。
2、健全农村土地承包仲裁机构。县人民政府应确保县仲裁委员会有具备相应仲裁资格的仲裁员，足够的工作经费和工作场所。
3、建立健全县、乡二级流转服务中心。加强对流转行为的引导、服务、管理，促进农村土地承包经营权的有序流转。
4、大力宣传有关政策法律。县、乡、村三级应加强对土地承包经营权方面有关政策法规的宣传，尽可能做到家喻户晓。
5、及时调处流转纠纷。县、乡两级政府职能部门应加强对土地承包经营权流转纠纷的调处，及时化解矛盾；同时还应重视流转纠纷引起的上访接待工作，及时妥善安排调处。
（三）村民自治对策
流转纠纷大多发生在同一村民集体经济组织的农户之间，因此应当充分发挥村民自治的作用，通过村民自治规范管理好流转行为，以减少流转纠纷的发生。并尽可 能将矛盾化解在基层，减轻农民解决矛盾的成本负担。村民委员会要在提高村干部自身法律素质和加强法制宣传的基础上，建立完整的流转台帐，完善流转批准和备 案手续，这样既可消除许多纠纷隐患又能在纠纷发生时有情可考，处理有据。
（四）司法对策
正确审理好土地承包经营权纠纷案件， 既为纠纷当事人判定是非,也为大量流转户提供了一个判断流转纠纷是非的司法范例。其内含的价值判断标准和向社会公示的司法功能效应，有着行政管理手段无法 取代的作用，对预防流转纠纷的发生有着至关重要的意义。但目前法院实际受理案件过程中，由于土地流转纠纷的标的虽小，但涉及的法律、法规、政策以及农村生 产、生活知识面广，尺寸难把握，法院不太愿受理，往往推给政府有关部门去处理。而政府有关部门的处理意见因缺乏法律约束力许多时候当事人不自觉履行，结果 使纠纷得不到及时解决。因此，必须提高人民法院服务“三农”的大局意识，重视并及时受理土地流转纠纷案件。
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