农民自留地种树是不违法的。占地后除了土地的补偿还要赔偿土地上作物的价值。自留地是国家分配给个人的自行安排种植的土地，无论种植经济作物亦或是种植庄稼都是具有自主权的。任何企业及个人占用农民自留地均要对农民进行赔偿。经过协商达成协议后方可进行。需要出具土地使用费用、及土地上承载作物的经济价值。
不仅仅是自留地，自留山和自留草场均属于集体所有，其成员只有使用权，不得出租、转让或买卖，也不得擅自用于建房等非农业生产用途。自留地生产的产品归农民自己支配，国家不征农业税。自留畜也归牧民所有和支配，在各地规定的免征点以内不征税、不派购。自留地、自留山、自留草场的经营权受国家保护，不得随意侵占。
法理上自留地和承包地的法律地位并没有本质的区别，只是自留地不参加重新分配。在补偿和流转等问题上并没有什么区别。对于土地的补偿与承包地没有区别，土地实际耕种的人应该获得地上附着物和青苗的补偿费。
如果给他人使用，在土地补偿的时候，地上附着物和青苗的补偿费应当由使用人获得，与自留地的用益权人无关。农户对于集体所有的土地(包括自留地)没有法律上的处分权，但是事实上的处分广泛存在。
主要的行为是：利用自留地甚至承包地耕地建房，以及在基本农田上挖塘养鱼，或者发展林果业，在坡度25度以下的耕地甚至基本农田上进行“退耕还林”。抛荒，在自留地以及属于公益林的自留山、责任山上建坟、砍柴、挖脂、打猎等等极为普遍。其他还有在耕地上开矿，取土等等。
这些违法法理的事实行为的发生往往不会受到任何组织或个人的阻止，形成事实上的处分。根据宪法第10条规定，城市的土地属于国家所有，农村和城市郊区的土地除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有，宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。
