集体的土地会以分配的方式将土地所附带的权利赋予给集体的成员，但是如果将土地承包出去之后就会将在此基础上引申出经营方面的权利，尤其是获得承包权的农民肯定会及时去办理经营权证明。那么，土地承包经营权证纠纷归哪个部门管？
我国的土地流转是建立在《中华人民共和国土地管理法》(以下简称《土地管理法》)的法律基础上进行的，《土地管理法》第十六条规定：
“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。 单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。 当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。 在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。”
《中华人民共和国农村土地承包法》更是为了进一步规范农村土地承包经营权流转，其中第五十一条规定：
“因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
第五十二条：
“当事人对农村土地承包仲裁机构的仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。逾期不起诉的，裁决书即发生法律效力。
由此可知，农村土地纠纷首先应该找乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。如果对人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
另外在《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》中对审理涉及农村土地承包纠纷案件中适用法律的家庭承包纠纷案件、其他方式承包纠纷、土地征收补偿费用分配及土地承包经营权继承纠纷等问题进行了解释。
1、土地权属争议：
根据国土资源部《土地权属争议调查处理办法》第2条规定，土地权属争议是指土地所有权或者使用权归属争议，其涉及国家对土地所有权、使用权的认可与否，应由行政机关依据行政职责依法确认。第14条规定，农村土地承包经营权争议案件不属于县级以上国土资源行政主管部门和乡镇人民政府受理土地权属争议案件范围。
《农村土地承包法》第22条规定：“承包合同自成立之日起生效。承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。”第51条规定：“因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。”据此，农村土地承包经营权属争议属合同纠纷，应由人民法院或仲裁机构管辖，镇政府无权确权。
对农村占有、利用、收益土地的权属归属不存在争议即权属归属明确。即权利人的土地承包经营权曾经被有关机关通过登记发证等程序确认，但利害关系人对权属归属提出异议，这类纠纷仍应认定为土地使用权纠纷，由政府处理。
农村土地承包经营权权属争议发生的原因，要么是“一地二包”，要么是登记错误。对于“一地二包”，它是前后两个土地承包合同的效力问题，当事人可以要求发包人(村集体经济组织)协调解决，或通过仲裁或民事诉讼的途径确定合同的效力，以合同的效力确定权属的归属。
综上所述，如果因为办理经营权而引发了与政府部门的纠纷肯定是需要通过诉讼或者其他的救济方式来解决的，否则就会使农民的权益因为证件不明确而被其他人或者政府侵害。
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