如果是土地经营权的权属发生纠纷，管辖部门为国土部门、县级以上政府、有管辖权的法院。按照《土地管理法》的规定，先行由县级国土部门调查、调解，如果能协商解决是最佳的解决办法，可以解决定纠纷，节省人财物力，协商不成的，由县级政府进行裁决。往往一个案件由于历史原因解决难度较大，如果对政府的裁决不服提起行政诉讼，时间成本会更大。
如果是土地承包经营权的纠纷，管辖部门为乡政府、仲裁机构、有管辖权的法院。按照《农村土地承包法》规定：承包合同自成立之日起生效。因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。这是协商解决的最佳办法，往往发生纠纷不会是一方的过错，需要各让一步，才能解决，如果调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
1、土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。
2、公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。
3、因过去无偿占有或平调而变动的土地。
4、因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。
5、因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。
6、因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。
7、因土地的征用、承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议等。
8、乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。
综上所述，引发土地使用权纠纷的情况很多，处理这类纠纷，应该先协商解决，这样最节约时间和精力。有权管辖土地使用权的部门是国土局、县级政府及当地法院等。如果是农村居民之间发生土地使用权纠纷，乡镇政府也有权利处理这种案件。
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