一、收回国有土地使用权补偿协议的法律依据是什么?
依据现行法律法规的规定，“有偿”收回国有土地使用权的程序应当采取：先行征收房屋及地上附着物，补偿到位后再实施“收回”国有土地使用权。“无偿”收回国有土地使用权的程序应当采取：先行收回国有土地使用权，需要补偿的给予补偿再拆除或没收房屋及地上附着物，不需要补偿的直接拆除或没收房屋及地上附着物。没有地上建筑物、构筑物的直接收回土地。
二、收回国有土地使用权程序
1、“有偿”收回国有土地使用权程序
第一步：修改规划
依据《城乡规划法》第47条规定：有下列情形之一的，组织编制机关方可按照规定的权限和程序修改省域城镇体系规划、城市总体规划、镇总体规划：1、上级人民政府制定的城乡规划发生变更，提出修改规划要求的;2、行政区划调整确需修改规划的;3、因国务院批准重大建设工程确需修改规划的;4、经评估确需修改规划的;5、城乡规划的审批机关认为应当修改规划的其他情形。
组织编制机关修改省域城镇体系规划、城市总体规划、镇总体规划前，组织编制机关应当对原规划的实施情况进行总结，并向原审批机关报告;修改涉及城市总体规划、镇总体规划强制性内容的，应当先向原审批机关提出专题报告，经同意后，方可编制修改方案。没有《实施情况总结》或《专题报告》组织编制机关不得编制修改方案。
组织编制机关为本级人民政府。
第二步：报批规划
规划的审批因规划内容和规划级别不同，审批的权限不同，依据《城乡规划法》第13、14、15、16条规定，国务院、省级、市级、县级均有批准权限：
国务院负责审批的有：省、自治区人民政府组织编制省域城镇体系规划、直辖市的城市总体规划、省、自治区人民政府所在地的城市总体规划、国务院确定的城市的总体规划(由省、自治区人民政府审查同意后报国务院审批)。
省级政府负责审批的有：省级政府管辖的行政区域除省会城市以外的城市总体规划。
城市政府负责审批的有：城市辖区内的县政府所在地镇的总体规划。
县级政府负责审批的有：除县政府所在地镇以外的镇的总体规划。
省级政府组织编制的省域城镇体系规划，城市、县政府组织编制的总体规划，在报上一级人民政府审批前，应当先经本级人民代表大会常务委员会审议。镇政府组织编制的镇总体规划，在报上一级人民政府审批前，应当先经镇人民代表大会审议。
第二步：公示规划
城乡规划直接涉及公众生产、生活，财产权益等问题。因此，《城乡规划法》第26条规定，城乡规划报送审批前，应当依法将城乡规划草案予以公告，并采取论证会、听证会或者其他方式征求专家和公众的意见。公告的时间不得少于三十日。第8条明确规定，城乡规划组织编制机关应当及时公布经依法批准的城乡规划。
第三步：实施立项
市县镇府为实施总体规划还应制定五年近期规划，依据城乡规划及土地利用规划，根据本级财政投资能力和上级财政支持政策水平，编制项目建议书或项目条件交给有关单位或公司实施。
第四步: 拆迁许可
项目承接单位或项目公司，按照《城市拆迁条例》规定有关拆迁程序办理拆迁行政许可，获得许可后及时公告。
第五步：补偿安置
按照城市拆迁条例的规定，经有资质的房地产评估公司对房屋和土地依法按照市场交易价格进行评估，依据评估确定的标准签订补偿协议，给予安置。《城市拆迁条例》第24条规定：“货币补偿的金额，根据被拆迁房屋的区位、用途、建筑面积等因素，以房地产市场评估价格确定。” 需要迁移的被拆迁企业还应当为其提供迁移场地，因迁移营业损失还应补偿。
有偿“收回”方式的，征地补偿费、拆迁补偿费、征地规税费和剩余年限的土地出让金，应该由政府返还，其价格标准则应区别情况处理：因国家方面的原因，如为了公共利益、实施城市规划而收回土地使用权的，应按现时市场价格计算、返还四项费用，土地的增值归土地使用者所有，以体现“有偿”收回的法律规定。
第六步：拆除收地
实施补偿完毕后，由国土资源部门将土地收回，注销登记。政府再依据新的规划确定土地用途，以招拍挂方式向社会公开出让土地，原使用人仍然有权参与招拍挂，但必须按照新的土地出让条件使用土地。
2,“无偿”收回国有土地使用权程序
第一步：查处违法用地立案
国土资源部门依据职权或举报，发现土地使用人：1，已经办理审批手续的非农业建设占用耕地，连续二年未使用的;2，以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。满二年未动工开发的;3，未按合同规定的期限和条件开发、利用土地情节严重的。应当按收回国有土地违法案件立案调查。
第二步：处罚前履行告知、听证
无偿收回国有土地是一种严厉的行政处罚行为，因此应依据《行政处罚法》规定的程序，处罚机关履行告知、听证等法定义务，确保处罚的公正性。
第三步：下达无偿收回行政处罚决定
在履行了法定处罚程序的前提下，依法由市县人民政府作出处罚决定，决定收回国有土地使用权，同时就有关补偿事项作出决定。
第四步：执行决定收回土地
下达决定后，告知被处罚人行政争议的救济途径。处罚决定在法定期限内被处罚人没有提出行政复议或行政诉讼，或者经复议或诉讼维持了处罚决定的，处罚决定生效。生效后被处罚人拒不履行的申请法院强制执行。
综上，收回国有土地使用权补偿协议的签署在法律上具有法律效益的，对于收回国有土地使用权具有补偿的是属于有偿补偿。按照城市拆迁条例的规定，经有资质的房地产评估公司对房屋和土地依法按照市场交易价格进行评估，依据评估确定的标准签订补偿协议，给予安置。
延伸阅读：
国有土地出让协议范本
北京市国有土地上房屋征收评估暂行办法
国有土地上房屋征收与补偿条例对于补偿有哪些规定?
