土地转让协议违约金由转让人和受让人协商确定，协商时约定违约金的具体数额，在转让协议中载明。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、土地转让的方式
土地转让有两种方式：一是土地所有人将土地所有权有偿或无偿地转移给他人，二是在土地家庭承包经营的情况下，土地转让指承包人自找对象，由第三者代替自己向发包人履行承包合同的行为。
1、土地所有人将土地所有权有偿或无偿地转移给他人。有偿的是买卖，无偿的是赠与或遗赠。土地转让行为只能发生在土地私有制的社会里，我国在农业、手工业和工商业社会主义改造基本完成之后，土地变私有制为公有制，因而不允许土地转让。但是土地的使用权可以依法转让，受让人仅对土地享有使用权，而所有权仍属于国家或集体。
2、在土地家庭承包经营的情况下，土地转让指承包人自找对象，由第三者代替自己向发包人履行承包合同的行为。转让的合同内容虽无改变，但是变更了承包人，终结了原承包人与发包人的权利义务关系，确立了受让人与发包人的权利义务关系。土地承包经营权转让时，承包方与第三者应订立书面协议。
三、土地流转的补偿标准是什么
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。
《土地管理法》第四十八条 征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。
第四十九条 被征地的农村集体经济组织应当将征收土地的补偿费用的收支状况向本集体经济组织的成员公布，接受监督。
禁止侵占、挪用被征收土地单位的征地补偿费用和其他有关费用。
所以说，土地流转合同违约金规定的约定方法时当事人与对方签订合同时，当事人可以在合同中约定一方违约的，可以向另一方支付一定金额的违约金，当事人也可以约定违约金的计算方法。土地流转的补偿金根据各地的标准进行补偿。
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