土地出让合同违约金一般根据双方的约定计算。但约定不得超过法定上限。根据相关法律规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的数额不得超过造成的损失30％，否则当事人可以请求不履行超过的部分。
约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求法院予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院适当减少。但是违约金是当事人双方在订约时对一方违约后可能造成的损失的一种预先估算，与违约后守约方的实际损失不可能完全相符;故此可交由法官自由裁量。法律规定预定违约金，除了给当事人施加心理压力外，也避免了违约后损失计算的麻烦和当事人证明损失大小的麻烦，使当事人能迅速确定自己应当承担的具体责任。因此，当事人如需要法院增加违约金额、或者当违约金过分高于损失时，则需承担证明损失大小的责任。
相关法律依据：
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十二条当事人以约定的违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过造成的损失30％为标准适当减少；当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金数额。
综上所述，土地出让金合同违约金的核算方法是签订合同的双方当事人可以约定当一方违约时应根据违约的情况向对方支付一定金额的违约金，同时当事人也可以与对方约定违约金的计算办法。另外土地出让金的意思是政府部门将土地出让给土地使用者，按照规定给付给土地使用者的费用。
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