一、土地使用权确权纠纷处理的方式有哪些？
可以先协调，即使无法协调，也可以由当地的主管部门进行调解，如果调解不了且无法互相让步，那么可以按照中华人民共和国土地管理法的要求提起上诉。
《中华人民共和国土地管理法》
第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、土地使用权的变更登记是怎么样的？
l、借款合同、(最高额借款抵押合同有借款内容的，不必单独提交借款
出让流程 合同)、土地使用权抵押合同(含最高额借款抵押合同，在此合同签订后十五日内办理土地使用权抵押登记)、土地使用证、地上物权属证明材料和《土地使用权抵押登记申请表》。
2、申请人、债务人属单位的要提交营业执照和法人证明、《土地登记法人代表身份证明书》、法人代表身份证复印件;属个人的要提交身份证复印件或户口簿;委托代理的，需提交代理人身份证复印件和委托书。共同共有的土地，在办理土地使用权抵押登记时，共有人应共同申请或委托代理人申请。
3、土地评估报告书或抵押人与抵押权人对标的物价值证明：出让用地的评估报告需提供抵押权人的认可书。
4、下列不同的情况，提交不同的材料：
(1)若抵押人与债务人不是同一人的，需提交抵押人同意提供抵押物给债务人进行抵押的合同或承诺书，合同或承诺书的内容包括被抵押的主债权的种类、数额、债务人履行债务的期限，抵押物的名称、数量、座落、用途、权属，抵押的范围、债务偿还的办法等，并由抵押权人见证;
(2)属集体企业抵押的，必须由上级政府或主管部门提出审查意见;属国有企业抵押的，必须由国有资产管理部门和上级主管部门提出审查意见。属集体和国有企业的，应有单位领导成员或代表大会集体讨论的书面意见(本款材料在抵押变更登记时抵押金额无增加的和债务人无变化的不需提交);
(3)抵押物权属股份(合伙)制企业所有的，须经工商部门确认的董事或股东签名同意抵押的企业董事会书面批准意见，董事或股东的签名由抵押权人或市土地交易中心、国土资源分局、公证部门进行监证;
(4)属房地产开发的商住用地，必须提交市建设部门出具未办理销售商品房许可证的证明;属单位的住宅用地，必须提交市房改办或职工代表确认的未出售房地产的证明;若已办理房地产权证，必须提交房地产权证;已建有房屋，未办理房产权证的必须提交房管部门(或抵押人)未办理房产权证和房产抵押的证明 (或承诺书)、房产来源的证明文件;
(5)以集体土地使用权抵押的，提交该集体土地所有者同意抵押的证明;
(6)对外抵押的需提交国家主管部门批准文件;
(7)土地使用权分割抵押的，应提交数字化测量的宗地图，抵押人和抵押权人分别在宗地图上盖章确认。由国土部门确定抵押土地的界线和面积。若分割抵押给同一个抵押权人，只填写一份申请表;若分割抵押给多个抵押权人的，应填写多份申请表。
(8)在本宗地内，部分土地已核发了房地产权证而未同时抵押，在办理未核发房地产权证的土地使用权抵押设定登记时，应提交数字化测量的宗地图，并经市房管部门在图上确认已核发房地产权证的范围。
(9)在本宗地内，部分土地已颁发了商品房预售许可证，在办理未核发商品房预售许可证的土地使用权抵押设定登记时，应提交数字化测量的宗地图，并经市建委在图上确认已颁发商品房预售许可证的范围。
5、需要提交其它有关规定的资料。
6、凡提交的资料是复印件，镇区国土部门或第一个收件单位在收件时必须与原件核对，凡一致的，加盖收件单位核对章，由核对人和提供者共同签名;提交的资料按本表指定的位置粘贴好。
综合上面所说的，土地使用权存在确权的纠纷尽量以协商的方式处理，如果协商不好就可以走调解或者是诉讼的方式来进行解决，但不管理哪一种都需要有合法的证明材料，只有获得受理才能保障到自己的权益，同时对于土地使用权的权利才会归属于自己。
延伸阅读：
土地使用权的使用期限届满后怎样...
土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土...
土地使用权被侵权应该怎么办
根据我国有关法律规定，侵害土地使用权，应...
1、集体土地所有者出具同意抵押的证明。2...
商业用地土地使用权到期后怎么办...
1、集体土地所有者出具同意抵押的证明。2...
