国有土地使用权转让纠纷的处理方式有和解、调解、仲裁和诉讼等。当事人之间的使用权转让是需要经过相关行政部门的审批才能转让的，所以，既可以提起民事诉讼，也可以提起行政诉讼。
《土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
(一)主体不同。
出让主体：国有土地所有者，即国家，由法律授权的县以上人民政府予以具体实施;
(二)行为性质不同根据物权理论，出让，他物权设定;转让：他物权转移。
(三)转移条件与程序不同出让条件无限制，签订出让合同，缴出让金，即可办证;转让条件有限制，转让须经申请、审批或补办出让手续，缴纳税费，方可登记过户。
(四)交易市场不同出让，一级市场，即国家作为国有土地所有者垄断;转让：二级市场，即符合法定条件的自由转让。
(一)转让方式1、出售;2、交换;3、赠与;4、以土地使用权作价出资或入股;5、一方提供土地使用权，另一方提供资金合作建房;6、因企业被收购、兼并或合并，房地产权属随之转移的;7、以房地产抵债的;8、其他(继承)。
所以通过上述内容的了解后，那么在实际生活中如果遇到了国有土地转让纠纷的情况是可以起诉的，但是起诉必须要满足对应的起诉条件，否则法院是不会受理的，同时还要准备好相关的证明材料，这样才能更好的维护自己的合法权益。
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