违法强拆与协议履行一并起诉是可以的，可以提交有关材料和证据到法院，并就强拆的具体事项来进行处理。具体的诉讼方式有：
(一)向人民法院提起行政诉讼
1.行政裁决是行政诉讼的前置程序
拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议，都应当经当事人申请，先由同级拆迁管理部门裁决。只有经行政裁决后，当事人仍不满意的，方可提起行政诉讼。
实施裁决的房屋拆迁管理部门是县级以上地方人民政府房屋拆迁管理部门，房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
2.对裁决不服的，可以向人民法院提起行政诉讼
任何一方当事人或者与行政裁决有法律上利害关系的公民、法人或其他组织对裁决不服的，都可以自裁决书送达之日起3个月内向人民法院起诉。人民法院根据行政诉讼法及相关司法解释的规定，对行政裁决的事实认定、行政程序、法律适用、有无超越职权和滥用职权等进行全面合法性审查。
(二)向人民法院提起民事诉讼
1.未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，可以向人民法院提起诉讼
根据《最高人民法院关于受理房屋拆迁、补偿、安置等案件问题的批复》的相关规定，拆迁人与被拆迁人达成协议后，一方或者双方当事人反悔的，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。
拆迁补偿安置协议是约定拆迁当事人之间民事权利与义务关系的合同，依法成立的拆迁补偿安置协议，对当事人具有约束力。当事人一方不履行协议或者履行协议不符合约定的，按照民法通则和合同法的规定，一方当事人可以向法院提起民事诉讼，要求对方当事人承担相应的民事责任。
2.当事人向人民法院提起民事诉讼有以下情形：
(1)拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，搬迁期限届满后拆迁人可以依法向人民法院起诉。
(2)拆迁人与被拆迁人达成协议后，且拆迁当事人之间没有达成仲裁协议的，一方或者双方当事人反悔的，另一方当事人可以向法院提起民事诉讼。
违法强拆与协议履行的处理，是需要严格按照司法程序来进行处理，当事人可以提交强拆的有关证据到法院认定，并说明自己的诉求，最终由法院对强拆的行政行为进行判决处理，如果存在异议的是需要追究有关法律责任的。
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