如果厂房真的属于违建遭遇拆除，那么厂房的建设材料，以及厂房内的设备财物，这些都属于企业的合法财产，即使相关部门组织实施强制拆除，也要对这些财物做好登记保全并制作物品清单，交予当事人确认，以确保当事人的合法财产不因拆违受到不合理的毁损。否则，当事人有权主张合法财产部分的损害赔偿。
厂房被强拆，通常有两种前置情况，一种是遇到了关停拆迁，比如环保关停或土地征收等，双方条件没有谈妥，征收方直接组织拆除;另一种则是厂房被认定为了违建，企业又没有自行组织拆除，相关部门实施了强制拆违。今天咱们讲的主要是后者。
有些表面上似乎属于违建的厂房，其实并不应该被认定为违建
比如厂房建成年代较早，当时还未出台现行的相关城乡规划法律，不要求办理现在需要的一系列审批手续;又如有些通过招商引资投办的企业，厂房建设时地方政府给了一些优惠政策，减免了一些审批要求;再如虽然厂房建设时确实存在缺证少证的情况，但此前已经接受了相应的行政处罚，完成了补正程序……
这些并不属于严格意义上的违建，不能直接认定为违建。
二、最新厂房违法建筑如何处理
1、在非法转让的土地上拆除新建的建筑物和其他设施，并将土地恢复原状。
2、合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施。
3、同时罚款。
4、依据《城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的，可以拆除。
因此说厂房被强拆虽然有违建，但也有其合法的建筑部分，不能一起被强制拆除。如果遇到合法建筑被强拆，当事人是可以通过法律途径进行维护自身的合法权益的。
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