政府部门拆迁营业方式按照住宅标准进行补偿肯定是不合理的，因为营业房拆迁的补偿标准要比住宅房多很多，光是拆迁营业房造成的停产停业损失，可能就要比住宅房的市场价格高了。拆迁营业房，就应该按照营业房的市场价格支付补偿标准。
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，营业房拆迁时按住宅的标准进行补偿是不合理的，营业房拆迁的，应该按同类房屋的市场价值进行赔偿。
相关法律规定：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
第二十条 房地产价格评估机构由被征收人协商选定;协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任何单位和个人不得干预。
二、拆迁冻结的房屋可以购买吗？
拆迁冻结就是已经决定要拆，但是拆迁之前需要对拆迁区域内的房产进行评估以便对业主给出相应的补偿或者安置方案，在这个期限之内所谓的冻结就是在冻结期内禁止房产持有人变更房产的面积以及归属，禁止人口迁入该房产所在户口，拆迁冻结的期限不等，也许因为安置资金不到位会冻结一到两年，拆是一定要拆的，剩下的就是时间问题了。
《中华人民共和国城市房地产管理法》有规定，司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的房地产不得转让，所以被冻结的房屋不能进行出售或者更名等行为。邱刚律师还表示，房屋拆迁后，开发商是按照原房屋产权证上的相关内容，对业主进行补偿，因为被冻结的房屋无法进行更名，所以购买此类房屋对于买方来说，风险比较大。
国家法律有规定禁止出售被限制房地产权利的房地产，如果购房者执意要购买，那买卖双方的交易则属于私下交易，私下交易不受法律保护。
作为拆迁单位来讲，当然不能到什么时候都按照最低的补偿价格去补偿被拆迁户。很多时候，政府部门就算是给营业房的负责人支付了补偿款，恐怕都难以弥补拆迁营业房造成的实际损失，如果再按照住宅楼的标准补偿的话，对经营者来说就太不公平了。
延伸阅读：
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