房屋征收补偿决定和征收补偿协议是有联系的，两者都是与征收补偿有关的文书，而两者的区别是征收补偿决定是由征收人与被征收人签订的，而征收补偿决定是在双方未达成征收补偿协议时，由征收人单方面作出的。
第二十五条 房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。
补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
第二十六条 房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
二、签订拆迁补偿协议需要注意些什么?
1、审查签订合同的主体是否合法
和我们签订拆迁协议的一定要是拆迁人，具有法人资格，否则合同的签订会因为主体不明确、主体没有承担法律责任的能力而面临无法履行的风险。比如拆迁指挥部、拆迁办公室之类的机构，是不具备法人的主体资格的，拆迁一结束就撤了，找都找不着，更不要说以后履行的问题了。
2、合同的主要条款内容要明确
很多被拆迁人都是第一次经历拆迁，在合同细节应当怎么约定没有经验，经常签订的合同内容不明确，导致以后的履行的过程中存在麻烦。
拆迁协议里比较重要必须明确的内容有：
第一、补偿款的总金额及各项补偿内容的具体明细，如果存在厂房出租的情况，这个各项补偿内容的具体明细就尤为重要，这涉及到双方以后分割拆迁补偿款的份额确定。
第二、补偿款的支付时间及支付方式。
第三、安置房、安置土地的面积及具体位置、土地性质，因为地理位置决定了土地的区位价值，土地性质是住宅、工业还是商业也直接决定土地的价值，如果双方在合同中没有明确的约定，在实际履行中很容易产生纠纷。
第四、如果签订补充协议，补偿协议上的内容必须合法，与主合同条款不冲突，如果对主合同有重大改动，须明确约定以补偿协议约定为准。
3、约定违约责任
一般来说，拆迁人答应的补偿条件，尤其是落实到合同条款的补偿条件，基本上都能实现，但是什么事情都是有万一的，我们在签订合同的时候，也应该为可能出现的“万一”提前防备，那就是明确约定违约责任，从另外一个角度来说，也是从合同条款的角度去督促拆迁人尽早的履行合同。
4、明确约定合同履行的程序
很多拆迁项目都要求合同签订后马上腾退房屋，在交房后支付拆迁补偿款，有的项目甚至是要求先腾退房屋，然后才把拆迁补偿合同交给被拆迁企业和支付拆迁补偿款。后一种合同的履行程序是有很大的隐患的。曾经有一位企业客户来咨询律师，遇到的就是这种情况。这家企业和政府关于所有的补偿条件都已经谈妥了，企业也在拆迁补偿协议上签字了，但是政府以补偿协议需要上级审批但项目等不及为由，要求企业先行拆迁设备和厂房，并证待上级批准后会将拆迁补偿款和合同一起给企业。企业拆除设备后，政府却告知，项目规划有所变动，暂时用不着企业这块地了。因为没有拆迁补偿协议的保护，企业自行拆除设备的损失经过几年的交涉，不仅得不到解决，甚至至今连明确的赔偿数额也确定不下来。
综上所述，房屋征收补偿决定和补偿协议之间的联系也特别的简单，另外，房屋征收补偿决定是政府单方面决定的，在制定征收补偿决定的时候不会去询问拆迁户的意见，可是，补偿协议当中所涉及到的这些补偿条款应该和房屋征收决定是相吻合的。
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