城中村拆迁时的补偿方案是当地政府决定的，所以这个问题需要询问当地政府。《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十七条 作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
第十八条 征收个人住宅，被征收人符合住房保障条件的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当优先给予住房保障。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
二、房屋拆迁补偿流程是什么?
1、拆迁人申领房屋拆迁许可证。
2、房屋拆迁管理部门按房屋拆迁许可证内容向社会发布公告。
3、房屋拆迁管理部门和拆迁人向被拆迁人、房屋承租人做好宣传、解释工作。
4、确定拆迁补偿标准和安置方案。一般而言，对违章建筑和超过批准期限的临时建筑不予补偿。拆迁补偿方式分为一般情形的补偿和特殊情形的补偿两类。
一般情形的补偿分货币补和房屋产权调换、结算价差，被拆迁人可以选择补偿方式。特殊情形的补偿被拆迁人不能选择，或只作货币补，或只作房屋产权调换、结算价差。
5、拆迁人与被拆迁人、房屋承租人达成拆迁补偿安置协议。
6、裁决拆迁。
7、强制拆迁。强制拆迁前拆迁人有就拆除房屋的有关事项向公证处申请办理证据保全的义务。
就是说当事人不需要担心院落的征用没有补偿款，政府部门总不可能只占用院落，不占用其他部分，只要拆迁就是整套房子全部都拆迁了。院落的这一部分也不是白白的让当事人使用的，另外就是城中村有国有土地，也有集体土地，补偿问题没办法回答。
延伸阅读：
新拆迁条例规定的土地征收范围有哪些?
集体土地征收程序是怎样的？
