禁养区内对养殖场进行关停的，如果造成畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方人民政府依法予以补偿。
《畜禽规模养殖污染防治条例》
第二十四条 对污染严重的畜禽养殖密集区域，市、县人民政府应当制定综合整治方案，采取组织建设畜禽养殖废弃物综合利用和无害化处理设施、有计划搬迁或者关闭畜禽养殖场所等措施，对畜禽养殖污染进行治理。
第二十五条 因畜牧业发展规划、土地利用总体规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域，或者因对污染严重的畜禽养殖密集区域进行综合整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方人民政府依法予以补偿。
二、拆迁纠纷的解决
遇到拆迁纠纷首先进行协商，如果协商没有效果，可通过行政或司法两种途径解决。一般说来，在拆迁过程中发生的纠纷可以采取以下方式解决：
第一、由于城市建设规划不是具体的行政行为，具有不可诉性，所以对政府的城市建设规划不服，只能通过参加听证、信访等途径发表意见。
第二、对于行政机关作出的拆迁许可不服，可以申请听证、提起复议或诉讼。
三、拆迁协议的内容
(2)安置用房面积、标准和地点;
(3)产权调换房屋的差价支付方式和期限;
(4)搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限;
(5)搬迁补助费和临时安置补助费或停产停业损失费发放标准和支付方式;
(6)违约责任和争议解决的方式;
(7)当事人约定的其他条款。至于每一个拆迁补偿安置协议具体包括哪些内容，还应视拆迁补偿方式不同而不同。对于实行货币补偿的，协议中应主要载明补偿金额、搬迁期限;对于实行产权调换的，协议主要载明安置用房的结构、面积和地点、搬迁期限、过渡方式和过渡期限。
能够正当经营的这些养殖场当初也是办理过审批手续的，只不过随着城市的发展，政府部门现在决定要关停该养殖场了，养殖场的关停会给负责人造成的经济损失是可以预见的，但养殖场的负责人除了配合政府部门的决定之外，没有什么其他的方法的。
延伸阅读：
禁养区养殖场的法定拆迁流程有哪些？
