1、建造者不具有土地使用权的违章建筑，属于在他人土地上建造房屋，因而不能通过补办有关建筑许可手续而取得建筑物的所有权，其行为不仅违反了国家有关建筑的行政法规，也侵害了他人的土地使用权和所有权，此类买卖合同应认定无效。
2、建造者已取得了土地使用权，因未办理建筑许可证的违章建筑，在其补办有关手续后，可取得该建筑物的所有权。如果当事人在一审法庭辩论结束前补办了有关手续，认定买卖合同有效。如果当事人在一审法庭辩论结束前不能补办有关手续，认定买卖合同无效。
1.房屋建造本身合法，只是手续未办的，依据合同法第一百三十五条“出卖人应当履行向买受人交付标的物或者交付提取标的物的单证，并转移标的物的所有权的义务”的规定，责令出卖人协助补办手续，出卖人不愿协助的，也可直接判决权属归买受人所有，由买受人直接通过行政部门办理所有权证，办证时补交税款，判决时明确税费由谁负担。
2.房屋建造存在违法行为，不能取得所有权证的，向行政管理部门发司法建议，先进行行政处罚，如处罚后获取产权证的，产权直接归属买受人。如行政部门认定为违章建筑而拆除处理的，则出卖人因交付不能，应承担违约责任。只有这样才能平衡双方当事人的利益，及时定纷止争。
三、建章建筑的侵权索赔
当违章建筑遭受他人侵害时，侵害人是否学要负停止侵害、赔偿等责任，实务中有不同的意见。有一种意见认为国家(法院)保护的应当是合法权益，对违法的民事行为带来的权益，法院不应当保护。而违章建筑没有经过政府有关部门的批准，违反了《城市规划法》等相关法律法规的规定，对此产生的利益，国家不应该保护。但笔者认为这种观点是片面的。违章建筑虽然在未得到相关部门批准之前不是合法建筑，但违章建筑不是人人皆可毁损，对违章建筑只能通过法定程序由法律授权的相关部门处理。拆除、没收违章建筑是行政机关的法定职责，是行政机关履行行政职责的行政执法行为。除此之外，其他单位和个人擅自拆除、侵占或毁损违章建筑的做法显然是于法无据。从另外一个方面说，非法财产并不能因为其非法而可被他人任意剥夺，如果法律允许的话，则会造成私权的泛滥(比如抢夺他人占有的毒品、非法枪支也可以被允许了)。因此，擅自拆除、毁损或侵占他人占有的违章建筑也是违法行为，构成了民事侵权，对由此违法行为而给他人造成的经济损失，行为人当然应该承担民事责任。
1、违建纠纷
然而，当事人向法院提请诉讼时，又应该以什么为理由与根据呢?前面有说过有一种观点认为违章建筑人对于违章建筑中的建筑材料等享有动产所有权，从这个观点出发，当违章建筑遭受侵害时，受害人就可以提请侵权之诉。但是提请侵权之诉并不能真正保护违章建筑人或占有人的权益，因为动产所有权说只承认建筑人对于建筑材料等的权利，却不能保护建筑人以及某些情况下后来占有人对整个违章建筑的利益。因此这个观点是不可取的。而笔者认为可以提请占有之诉。对于违章建筑，尽管不能产生权利，但可以占有之(一般是建造人)。那么，如前面所说，占有只是一种事实状态，不是权利，更不是物权，如何能够获得物权法上的保护呢?有学者认为，占有作为一种事实状态体现了财产秩序，占有的现状也构成了一种社会生活秩序。法律之所以要保护占有，并不一定为了寻求对真正权利的保护，而是为一种维护财产秩序和生活秩序的稳定[8].我们认同这种观点，正如周枏先生所指出的：占有在罗马法上受令状的保护，其真正的目的在于制止暴行，维持秩序，占有具有特殊地位不过是间接“沾了光”，如果真的以保护占有为目的，则占有令状早该成为对物诉讼，不可以对任何持有物件的人提起了。“
2、维护秩序
法律要对占有线装进行维护，制止采用各种暴力侵夺他人的占有，包括不法占有的行为，以贯彻占有制度所体现的“任何人不得以私力改变占有的现状”的原则。其实从占有角度出发，也是上面所讨论的行为人侵害违章建筑需负民事责任的根本缘由。
但需要注意的事，违章建筑的占有之诉与一般的占有之诉又有所区别。首先，当事人向法院提请占有之诉时，并不能要求行为人恢复违章建筑的原状，或者说法院不能支持恢复原状的请求。因为违章建筑由于本身的违法性，一般需要被拆除或者没收，也就是说法律不允许它的存在。在违章建筑被毁损后，如果法院支持重建违章建筑的请求，则显得荒谬了。其次，违章建筑受侵害后的赔偿范围也有其特殊性，因为违章建筑的违法性，行为人所侵害的并不都是法律所保护的合法权益。所以，赔偿的数额具有有限性，不是全额赔偿，而应当是部分赔偿，即只对擅自毁损行为扩大的损失，进行适当的赔偿。
另外一个需要值得注意的是在司法实务中，当违章建筑受到他人的不动产侵害或者侵害他人的不动产时，很多都是主张适用相邻关系的规定。然而这种观点是不正确的。所谓相邻关系，是指两个或两个以上相互毗邻的不动产所有人或使用人之间一方行使所有权或使用时，享有要求另一方提供便利或者接受限制的权利。可见相邻关系的主体不管是公民还是法人都必须是相邻不动产的所有权人或者使用权人，对不动产享有民法权益。显然，由于违章建筑物不能产生所有权也不能产生使用权，因此解决此类纠纷也不能适用相邻关系的相关规定。
综合上面所说的，违章建筑就是属于违反了我国的条例，对于这种行为，一般在签订合同的时候就要看双方信息还有所核实的证件是否合法的，这样才能认定出合同是否有效，所以，只要条款合法，不管是否属于违建物合同都是有法律效力的。
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