商铺拆迁合同纠纷处理的方式主要有以下几种。换句话说，商铺拆迁合同纠纷的解决方式通常是协商、行政裁决、起诉以及强制执行。根据我国民法典相关规定，在合同双方签订了拆迁合同之后，因各种原因产生争议或出现违规行为时，首先是拆迁方与被拆迁方进行协商解决，若是协商未果，则可以通过相关仲裁机关进行裁决，若是对裁决结果不服，则可以向法院提起诉讼，拆迁方胜诉则可强制执行。
(一)行政裁决
国务院令发布的《城市房屋拆迁管理条例》规定，拆迁人与被拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。
(二)行政或司法强制
行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由拆迁管理部门提请公安部门强制拆迁。司法强制：被拆迁人或者房屋承租人在裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。行政强制或司法强制只能选一种。房屋拆迁管理部门提请或申请强制拆迁，必须非常慎重。
(三)民事仲裁或民事诉讼
拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在协议的约定的搬迁期内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院提起民事诉讼。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。
二、拆迁补偿安置协议纠纷怎么起诉
(一)判断拆迁诉讼到底是行政诉讼还是民事诉讼
实际上，在目前的审判实践中，行政和民事两种诉讼形式都有。被征收人对补偿协议不服的以行政诉讼为主，也就是“民告官”;被征收人不履行协议约定义务时，房屋征收部门多以民事诉讼提起诉讼。一般情况，应该优先行政诉讼，但不排除民事诉讼。因为民事诉讼在补偿等问题上更充分一点，而行政诉讼的好处是举证有利于某一方。同时补偿协议，其实是以合同形式体现的行政决定。所以从协议有争议一开始就纳入行政诉讼，有利于彻底解决纠纷。
(二)民告官的问题
长期以来，在拆迁过程中，作为被征收人的普通老百姓相对于房屋征收部门来说，是弱的一方，法律规定中也更多地倾向于保护弱的一方，也就是“民告官”中的“民”。但近年来，随着房价的不断上涨，政府遭遇被征收人拒不履行协议的情况也偶有发生。在征地拆迁纠纷中，只要政府有存在违法行为，被拆迁人都可以通过法律途径维护自己的合法权益。
以上商铺拆迁合同纠纷解决的途径。从中我们可以知道，商铺拆迁合同纠纷处理的方式主要有以下几种，比如协商、调解、仲裁、诉讼，这些都是法律规定的非常有效的解决商铺拆迁合同纠纷的途径。
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