税收行政复议与税收行政诉讼都是通过解决行政争议维护当事人合法权益，监督行政机关依法行使职权的法律制度，两者有着密切联系。但是由于根本性质不同(前者是行政性的，后者是司法性的)，它们的程序、方式、法律后果存在着差异。《行政复议法》第十六条对两者的关系进行了规定：
1、申请人申请行政复议，行政复议机关已经依法受理的，在法定行政复议期限内不得向人民法院提起行政诉讼。我国法律、法规对当事人不服具体行政行为的救济途径的规定，除行政复议前置和行政复议决定为最终裁定的情形外，还赋予的当事人选择行政复议和行政诉讼的权利。对此，《中华人民共和国行政诉讼法》第三十七条也作了相应规定，即对同一行政争议，不能同时选择两种救济途径解决，不能在申请行政复议的同时再提起行政诉讼。
2、当事人已经向人民法院提起行政诉讼，人民法院已经依法受理的，当事人不得申请行政复议。这种情形是针对非行政复议前置时，当事人可以选择申请行政复议或者提起行政诉讼。因为行政复议前置时，不存在选择权的问题。此外，如果人民法院对当事人提起的诉讼未受理，未立案，当事人还可以继续申请行政复议;如果在人民法院立案后，当事人撤回起诉的，当事人仍然具有申请行政复议的权利。
其次税收争议还适用于税收复议前置，即使指对税务机关作出的征税行为不服的，包括确认纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税、退税、抵扣税款、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点和税款征收方式等具体行政行为，征收税款、加收滞纳金，扣缴义务人、受税务机关委托的单位和个人作出的代扣代缴、代收代缴、代征行为等，必须先经过行政复议程序后，仍有不同意见的，才可以向人民法院提起行政诉讼。
二、税收争议基本特征
1.税收争议的前提是税务争议的存在。
2.税收争议的主体是有关国家机关。
3.税收争议的客体是税务行政相对人认为侵犯其合法权益的税务具体行政行为。
4.税收争议须由不服税务行政处理决定的当事人提起。
5.税收争议活动要以当事人全面履行税务处理决定为必要条件。
税收复议和税收诉讼都是解决行政纠纷的一种手段，两者存在着先后的关系，必须先复议，在对复议的结果不服后才能提起诉讼，不能直接提起诉讼，这些是税收争议的一种特殊性。先复议后诉讼。
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