公司代缴个人所得税退税目前可以通过手机APP进行申请，也可以直接到税务部门申请办理，具体程序如下：
1、下个人所得税APP，注册账号，登陆账号。个人所得税APP非常智能，注册好之后，在个人中心完善个人信息，并添加银行卡，这张银行卡就是税款将要退回的地方。
2、查询年度的纳税明细。可以在首页的“收入纳税明细查询”一栏中查询，里面有年度和每个月的的收入金额和已申报税额。
3、在办税界面-税费申报-综合所得汇算申报处进行申报。默认的是简易申报，系统已经自动计算出退税金额。如果需要调整申报数额，可以切换到“标准申报”进行办理。确认提交后就可以申请退税啦。
4、等待。在服务界面-申报信息查询中，点击申报查询可以查看退税的进度。
需要注意的是，为方便纳税人获取退税，纳税人年度综合所得收入额不超过6万元且已预缴个人所得税的，税务机关在网上税务局(包括手机个人所得税APP)提供便捷退税功能，纳税人可以通过简易申报表办理年度汇算退税。
二、办理个税退税的时间要多久?
凡按规定需要经审批的五项提退，由纳税人向所管辖的基层分局提出申请，填写《退税申请审批表》并提供有关资料，分局管理科审核纳税人的有关退税资料，转分局长签署意见后报县局征收计会科，再报分管局长审批。手续齐全的，自申请之日起30天内予以办理。退税手续办理完毕后，由纳税人到退税的开户银行领取《收入退还书》收账通知联。
根据《财政部 国家税务总局关于基本养老保险费 基本医疗保险费 失业保险费 住房公积金有关个人所得税政策的通知》的规定，
个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。
根据《税收征收管理办法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;
涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。因此，多缴纳的个人所得税可向主管税务机关申请退还。
个人所得税退税的具体规定是依据国家的政策规定来进行处理的，其目的是对个人多缴纳的个税进行退还，这也是公民的权利，公民可以合法的向税务部门申请退税处理，具体情况可以依据法律规定来进行合法的认定。
