一、子公司与分公司的纳税区别：
子公司必须独立核算，独立申报纳税。?分公司不是独立法人，可以不独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴。
《企业所得税法》第五十条规定：“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”我国从2008年起开始实行法人所得税制度，强调法人企业或组织为企业所得税的纳税人，而非独立核算的分支机构将自动汇总到公司总部缴纳企业所得税，企业在设立分支机构时，因此需要谨慎选择。
二、分公司与子公司的权衡
《公司法》第十四条规定：“子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任;分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”企业设立分支机构，使其不具有法人资格，且不实行独立核算，则可由总公司汇总缴纳企业所得税。这样可以实现总公司调节盈亏，合理减轻企业所得税的负担。
当然，在设置分支机构时有三个因素应当综合考虑：
首先，是分支机构的盈亏情况，当总公司盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时，应当选择总分公司模式。根据税法规定，分公司是非独立纳税人，其亏损可以由总公司的利润弥补;如果设立子公司，子公司是独立纳税人，其亏损只能由以后年度实现的利润弥补，且总公司不能弥补子公司的亏损，也不得冲减对子公司投资的投资成本。
当总机构亏损，新设置的分支机构可能盈利时，应当选择母子公司模式;子公司不需要承担母公司的亏损，可以自我积累资金求得发展，总公司可以把其效益好的资产转移给子公司，把不良资产处理掉。
其次，是享受税收优惠的情况，按照税法规定，当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分公司所在地有税收优惠政策，则当分公司开始盈利后，可以变更注册分公司为子公司，享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。
再次，是分支机构的利润分配形式及风险责任问题，分支机构由于不具有独立法人资格，所以不利于进行独立的利润分配。同时，分支机构如果有风险及相关法律责任，可能会牵连到总公司，而子公司则没有这种担忧。
我国的相关公司在经济市场上进行运作的，需要对公司的税收进行相关的缴纳。分公司和子公司在缴纳这类税收时，子公司属于法人性质需要单独核算，而分公司就不需要了。相关的公司按照我国的法律进行相应的办理。
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