对不配合执法的公民申请行政强制执行的期限是行政救济的期限届满之次日起的三个月内。
根据《行政强制法》第五十三条和第五十四条的规定，当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行行政决定的，行政机关应当催告当事人履行义务。催告书送达十日后当事人仍未履行义务的，没有行政强制执行权的行政机关可以自当事人申请行政救济的期限届满之次日起，在三个月内，依照本法规定向所在地有管辖权的人民法院申请强制执行。
《最高人民法院关于执行<行政诉讼法>若干问题的解释》(以下简称《解释》)第一百五十六条，没有强制执行权的行政机关申请人民法院强制执行其行政行为，应当自被执行人的法定起诉期限届满之日起三个月内提出。逾期申请的，除有正当理由外，人民法院不予受理。
为了规范行政处罚的执行，行政处罚法确定了我国行政处罚强制执行机关是以人民法院为主体的体制，行政机关的强制执行权要有法律规定。《行政处罚法》第五十一条规定，当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取下列措施：
(1)到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的3%加以罚款;
(2)根据法律规定，将罚款、扣押的财物拍卖或者将冻结的存款划拨抵缴罚款;
(3)申请人民法院强制执行。这就明确说明了人民法院在行政处罚的执行中是居于主导地位的，而行政机关的行政强制执行权是有限的，除了加处罚款的强制执行权外，其他查封、扣押、冻结划拨等强制执行权必须要有法律规定。根据目前法律的规定，只有公安、海关、税务三个行政部门有查封、扣押、冻结划拨等行政强制执行权。
一般情况下，行政单位申请法院强制执行的话，肯定也不会超过法定申请期限的。但行政相对人之前申请过行政复议，随后又提起了行政诉讼，在这种时候，判决结果跟行政单位的决定都是一样的话，如果还是一种不配合执法的态度，对自己也是很不利的。
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