1、立案
非诉行政执行案件是一种特殊的案件，行政机关多是成批申请，少则几起，多则几十起，如果由立案庭逐一审查是否符合立案条件，并按照规定对不符合立案条件的作出不予受理的裁定。由于业务局限性及客观原因，操作起来难免有效不很现实，建议由立案庭统一案号立案后，转到行政庭，由行政庭审查是否准予执行。
2、审查
案件由立案庭转到行政庭后，应当组成合议庭进行审查。首先审查行政机关的申请是否具备条件，这些就是最高人民法院的解释中第八十六条的规定：
(1)具体行政行为依法可由人民法院执行;
(2)具体行政行为已经生效并具有可执行内容;
(3)申请人是作出该具体行政行为的行政机关或者是法律、法规授权的组织;
(4)被申请人是该具体行政行为所确定的义务人;
(5)被申请人在具体行政行为所确定的期限内或者行政机关另行指定的期限内未履行义务;
(6)申请人在法定期限内提出申请;
(7)被申请执行的行政案件属于受理申请的人民法院管辖。
如果符合上述条件的，应由具体执行人员做好工作，进入执行程序，如果不具备条件则作出不准予执行的裁定。
经过审查符合上述所具备的条件后，执行员应当做好以下准备工作：
(1)了解案情，通过查阅执行的法律文书，案卷及其他有关材料，明确协议执行的事项，调查了解被执行人不履行义务的原因，家庭经济状况，实际履行能力，以确定执行的对象和执行的范围。
(2)通知被执行人在指定的期限内履行义务(应当以执行通知书的形式限期履行)。对于确有履行义务能力仍不履行义务的被执行人，进行法制教育，说明不履行法定义务以及抗拒或者妨碍执行的法律后果，可以邀请被执行人所在的单位，当地基层组织或者被执行人的亲属共同做思想工作，被执行人是单位的可以请主管部门督促。经过做工作，依然拒绝履行义务的，人民法院将进一步作出书面的执行裁定书。
(3)制定强制执行方案，具有履行能力的被执行人在通知指定的期限内仍然拒绝履行义务的，合议庭应当制定强制执行方案，准备强制执行。强制执行方案应当包括：强制执行对象、强制执行范围、强制执行时间、强制措施及实施步骤、可以出现的问题和对策、参加执行人员和配合部门及人员等内容。方案制定后，必要时必须经法院院长批准，并根据案情办理必要的法律手续，例如公告、协助执行通知、扣押令、搜查令。
在做好上述准备工作以后，进入强制执行程序。行政执行有其特殊性，必须周密组织，严格依照法定程序进行。首先应由院长签发限期迁出房屋或者退出土地的公告，通知有关人员到场，制作执行笔录，保管迁出财物，向权利人交出房屋或者土地等，必须进行的程序不能疏忽大意。
5、执行案卷的整理保存
由于非诉执行案件卷宗比较多，且经常出现执行不彻底现象，致使此类卷宗缺失材料及丢失材料的现象时有发生。针对这种现象，在进一步规范执行程序的同时，更应该特别注意卷宗的整理及归档保存工作，使其逐步走向规范化道路。
行政案件的行政执行是需要在法律允许的范围内进行，为了减少对社会的不良影响，和避免矛盾纠纷，行政机关和司法机关应当对相关事项进行充分调查，在确保合法的情况下按照规定的程序来进行处理，避免发生法律适用错误的情况。
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