这是行政诉讼在受理、裁判的案件上与其他诉讼的区别。刑事诉讼解决的是被追诉者刑事责任的问题;民事诉讼解决的是民商事权益纠纷的问题，而行政诉讼解决是行政争议，即行政机关或法律、法规授权的组织与公民、法人或者其他组织在行政管理过程中发生的争议。
(2)行政诉讼是人民法院通过审判方式进行的一种司法活动。
这是行政诉讼与其他解决行政争议的方式和途径的区别。在中国，行政争议的解决途径不止行政诉讼一种，还有行政复议机关的行政复议等等。而行政诉讼是由人民法院运用诉讼程序解决行政争议的活动。
(3)行政诉讼是通过对被诉行政行为合法性进行审查以解决行政争议的活动。
其中进行审查的行政行为为具体行政行为，审查的根本目的是保障公民、法人或者其他组织的合法权益不受违法行政行为的侵害。这就决定了行政诉讼与刑事诉讼和民事诉讼在审理形式和裁判形式上有所不同。如行政诉讼案件不得以调解方式结案;证明具体行政行为合法性的举证责任由被告承担;行政诉讼的裁判以撤销、维持判决为主要形式等。
行政诉讼并不解决所有类型的行政争议，有的行政争议不属于人民法院行政诉讼的受案范围，而刑事诉讼和民事诉讼均无类似于行政诉讼的受案范围的限制。至于，不属于行政诉讼解决的行政争议只能通过其他的救济途径解决。
(5)行政诉讼中的当事人具有恒定性。
行政诉讼的原告只能是行政管理中的相对方，即公民、法人或者其他组织;行政诉讼的被告只能是行政管理中的管理方，即作为行政主体的行政机关和法律、法规授权的组织。行政诉讼的当事人双方的诉讼地位是恒定的，不允许行政主体作为原告起诉行政管理相对方。这个特点与民事诉讼和刑事诉讼不同。民事诉讼中诉讼双方当事人均为平等的民事主体，原被告不具有恒定性，允许被告反诉;而刑事诉讼，也存在着自诉案件中允许被告人作为被害人所诉自诉人。
综上所述，对政府部门的拆迁补偿协议有争议的话，只能提起行政诉讼，因为被告方是行政单位。正常情况下，政府部门所拟定的拆迁补偿协议跟公布的拆迁补偿方案应该是一致的，如果征地补偿协议不合理，可以先和拆迁办的相关工作人员沟通。
延伸阅读：
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