撤销卫生行政许可程序是需要提出申请，然后就是由行政机关对此进行一定的审查，审查通过的情况之下，就可以作出撤销决定。一是行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止。也就是说原来的法律、法规、规章准予从事某种活动，后来通过修改，对这种行为加以禁止。另外还有一种情况，即对原来法律、法规、规章规定的颁发行政许可的条件进行了改变，提高了准入的门槛，或者对许可范围进行了调整。被许可人必须满足新的许可条件或者对其从事活动的范围作一定的限制，因而对已颁发的行政许可作出变更。
1、可以撤销的情形
(1)行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的;
(4)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的;
2、应当撤销的情形
(2)被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，行政机关应当依法给予行政处罚;取得的行政许可属于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全事项的，申请人在"3年内"不得再次申请该行政许可;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
1、适用的情形不同。
行政许可的撤销适用于行政机关或其工作人员、被许可人单方或双方有过错的情形。行政机关或其工作人员有过错的可以撤销行政许可，被许可人以贿赂、欺骗等不正当手段取得的行政许可应当撤销。
《行政许可法》第六十九条第一款对行政机关或其工作人员有过错的情形作出了具体规定：
(一)行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的;
(四)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的;
行政许可的撤回仅适用于行政许可所依据的法律、法规或规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化这两种情形。为了公共利益的需要，行政机关可以依法撤回已经生效的行政许可，使其失效。
2、溯及力不同。
撤回的行政许可本身是合法的，行政许可自撤回时起失效，不具有溯及力。撤销的行政许可本身是不合法的，所以被撤销的行政许可从一开始就没有法律效力，具有溯及力。
3、产生的后果不同。
无论是撤销还是撤回行政许可，都有可能对被许可人的既得利益造成影响。被许可人以贿赂、欺骗等不正当手段取得的行政许可因其本身有过错而不受保护。
在我们的现实生活当中，目前行政许可主要指的就是在一些特殊的领域范围，经过行政机关的批准同意之后，才能够从事相关行为的一种状况，按照我们国家法律当中规定，如果说是行政机关的工作人员存在着玩忽职守情况，所批准的行政许可是属于一种非法的，可以申请撤销。
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