1、概念不同
直接证据，是指与待证事实具有直接联系，能够单独地直接证明待证事实的证据。
间接证据，是指与待证事实之间具有间接联系，不能单独直接证明待证事实的证据。
2、作用不同
(1)由于案件的复杂性，有些当事人为了避免法院认定不利于自己往往把案件的真实情况和直接证据藏起来，使对方当事人和办案人员不易一下找到直接证据，只能从间接证据入手，通过运用间接证据，调查研究逐步明朗，最后达到了解民事案件真相的目的。因此，间接证据可以作为调查研究整个案情的向导。
(2)间证据可以鉴别直接证据的真伪。直接证据有的可能是真实的，有的则可能是伪造的材料，因此，对这些证据必须结合全案所有的证据材料进行鉴别，而运用间接证据是鉴别直接证据的一种重要手段。人们根据间接证据，在经验上可以认定案件事实是否发生、变更和消灭，间接证据还可以影响直接证据的证据力。
(3)直接证据与间接证据对案件真实性的反映都是有条件的，近似的和相对的，两者都有一定的局限性，几个间接证据联合起来的证明力，就可以相当甚至超过一个直接证据的证明力。所以在证明案件事实时，间接证据是直接证据的有力助手和可靠的佐证。
3、使用证据的难度不同
(1)由于间接证据是间接地证明案件的事实，这决定了使用间接证据的难度就更大，复杂性更多。要求当事人和办案人员在提供、审查、判断和运用间接证据时，更加慎重。
应当注意在运用间接证据证明案件事实，必须有足够的数量，使证据形成一个完整的、严密的证明锁链，而且这个证明锁链是合乎道理的、无懈可击的。
(2)应当注意间接证据所证明的事实与案件本身要有内在的关联，如果没有内在的关联，就不能成为案件的间接证据。
(3)应当注意各个间接证据之间，必须衔接协调一致，都是围绕着案件中的一个主要事实加以证实;如果间接证据之间有矛盾，而无法加以排除，案件事实就无法认定。
(4)应当注意进行综合性的分析研究，既能从正面证实案件的事实真相，又能从反面排除虚假成分，从而得出可靠的结论。
二、直接证据应具备三个条件：
1、单独一个证据;
2、能够证明案件的主要事实;
3、证明方式是直接的，无需经过推理过程，即可以直观地说明犯罪行为是不是犯罪嫌疑人、被告人所实施。例如，某犯罪嫌疑人供认他持刀将被害人杀死，某证人称他目睹犯罪嫌疑人用木棍打伤了被害人，都属于直接证据。其中，证明某人有罪的直接证据必须具有肯定犯罪事实确已发生、该人为犯罪人两个因素;证明某人无罪的直接证据则只需否定其中一个因素即可。因此，否定犯罪存在或否定犯罪嫌疑人、被告人实施犯罪的直接证据，可以是七种证据中的任何一种。而肯定犯罪的直接证据则往往表现为言词证据。
单从刑事案件来看，犯罪嫌疑人、被告人所作的有罪供述等都是案件的直接证据，这些证据可能不具有真实性，如果间接证据运用得当，那么是可以验证直接证据的真伪性的。故此在处理案件时，直接证据、间接证据都需要重视。
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