级别管辖：最高人民法院管辖全国范围内重大、复杂的第一审行政案件;高级人民法院管辖本辖区内重大、复杂的第一审行政案件;
中级人民法院管辖下列第一审行政案件：
(一)对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件;(二)海关处理的案件;(三)本辖区内重大、复杂的案件;(四)其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。
除非法律规定由上级人民法院管辖，一般来讲，都是由基层人民法院管辖第一审行政案件。
因此，复议后再起诉的行政案件，复议机关改变原行政行为的，则根据复议机关确定法院的级别;复议机关不作为的，当事人择一起诉，既可以根据原行政机关确定，也可以根据复议机关确定法院的级别。需要特别注意的是，复议维持的情形中，复议机关和原行政机关作为共同被告，级别管辖是根据原行政机关来确定的。
地域管辖：《行政诉讼法》第十八条规定：“行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。”该条既确定了行政诉讼地域管辖的“原告就被告”原则，也确定了经过复议案件的地域管辖的特殊规则：即只要经过行政复议，无论复议结果是改变还是维持，原告既可以向原行政机关所在地起诉，也可也向复议机关所在地起诉。
复议后再起诉的案件，确定管辖法院的规则和流程应当是首先确定被告，其次确定管辖法院的级别，最后确定管辖法院的地域。出现共同管辖局面时，各管辖法院在法律上都有对本案的管辖权。尽管有两个以上的法院都有管辖权，但是实际只能由一个法院来行使这种管辖权，行使管辖权的法院须属于这些有管辖权法院中的法院。最终确定由哪个法院管辖本案，只能根据原告当事人的意志而定。
二、行政诉讼如何确定被告？
经过复议后再起诉的行政案件，在确定管辖法院之前，一定要先确定被告。因为被告会直接影响管辖法院的级别与地域。
因此，对于经过行政复议的案件，起诉之前首先要确定被告。而被告的确定规则需要根据复议结果加以确定。
一般来讲，常见的复议结果包括复议改变、复议维持和复议不作为。
1、复议改变单独告
所谓“复议机关改变原行政行为”，仅仅包括复议机关改变原行政行为的处理结果。不包括只改变原行政行为所认定的主要事实和证据以及法律适用依据。同时，复议机关确认原行政行为无效、确认原行政行为违法(不包括以违反法定程序为由确认原行政行为违法)，都属于改变原行政行为。
2、复议维持共同告
复议机关维持原行政行为的，作出原行政行为的机关和复议机关是共同被告。复议维持的情形包括：
(1)复议机关认为原具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用法律依据正确，程序合法，内容适当，决定予以维持的;
(2)复议申请人符合程序上的立案条件，复议机关经过审理，认为复议请求不成立的，作出驳回复议申请的决定;
(3)复议机关经过审理，只改变了原具体行政行为的法律依据或者事实依据，并未改变结果的;
(4)复议机关以原具体行政行为程序违法为由确认原行政行为违法的;
(5)复议决定既有维持的内容，又有改变或者不予受理复议申请内容的，整体上也视为复议维持。
3、复议不作为择一告
复议机关不作为，当事人可以起诉原行政机关的行政行为，也可以起诉复议机关不作为。但是不能就原具体行政行为和复议不作为共同告，只能择一选择。
所谓复议不作为就是复议机关对于复议申请未作实质审理，包括逾期不作复议决定和不予受理，后者常见的情形有不接收复议申请书、不受理复议申请、驳回复议申请和拒绝作出复议决定。
但对于复议前置案件，当事人只能起诉复议机关不作为，而不可直接起诉原具体行政行为。
行政复议是一种有效的行政系统内部监督救济制度，兼具监督纠错、权利救济以及化解行政争议等不同功能。实践中，当事人为了救济权利申请行政复议。当对复议机关的决定不服时，就会提起行政诉讼。但复议后再起诉，如何确定被告和管辖法院就成了一个重要问题。
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